卵巢囊肿可能会引起月经失调和不孕。
由于受到卵巢激素分泌的影响，可能会引起卵巢囊肿，存在引发月经失调和不孕的可能性。比如，性索间质的卵巢肿瘤通常会分泌雄激素、雌激素等激素，可能引起卵巢囊肿，还可能导致女性体内的雄激素水平过高，进而对女性的生殖功能产生一定的负面作用，导致女性无法正常怀孕，也会影响月经的正常来潮。不过经过治疗后，这种情况通常会有所改善。因此，女性要注意积极接受治疗，以免影响身体健康。
巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
妊娠发现卵巢囊肿，它的治疗要视孕期迟早而定、包块的尺寸及属性，及病人是否有病症。
早孕期间囊肿嵌在盆腔内，可导致流产，中期妊娠易合并蒂扭转，晚期妊娠，如果肿瘤很大就会引起胎位异常，分娩时会导致肿瘤破裂，如果肿瘤位置偏低，会梗阻产道，造成难产。
早孕并发卵巢囊肿，如在怀孕早期，卵巢囊肿直径在6厘米以下，可多为妊娠所致生理性囊肿，这类通常可在不治疗的情况下自然消退。如果囊肿一直延续到孕中期，未见萎缩，但亦不会增加，亦可在产后再行治疗。如果卵巢囊肿呈扩大趋势，或对恶性可能有较高疑虑者立即手术治疗。若妊娠期卵巢囊肿蒂扭转，还需马上做手术。
目前还没有专门的理论来解释卵巢囊肿的原因，但一般和遗传因素以及个体因素有关。
1、遗传因素：女性或外祖母患有卵巢囊肿的后代更容易得卵巢囊肿；
2、个体因素：正常发育时出现的良性囊性肿瘤，比如卵巢畸胎瘤。所有的患者都有不同的原因。
女性在做卵巢囊肿的时候，可以主观的触摸到附件区囊性肿物或者是包块。通过B超、彩超等检查，可以明确腹前区是否有囊性肿块，具体的可以通过磁共振和CT检查来明确。
一般情况下，左侧卵巢囊肿是否会不孕需根据实际情况来判断，具体内容如下：
彩超显示有卵巢囊肿是左边的，要看囊肿的大小和类型。女性在女性体内排卵后，左侧卵巢囊肿低于三公分，一般不会对妊娠造成什么不良反应。如果是左边的卵巢有不规则的回音，或是出现了分格，又或是进行性的痛经，那么就需要怀疑是巧克力囊肿的表现。
