一般情况下，咽峡炎不属于手足口病。
小儿咽峡炎是一种比较常见的疾病，主要表现为疱疹性咽峡炎，咽部充血，咽峡处出现细小的水泡，有时会出现在舌苔和齿龈上，而且会迅速的变成散在的溃烂，患儿会出现发热、咽痛、吞咽困难、拒绝进食等症状。疱疹性咽峡炎是一种自限性的病症。儿童手掌、脚掌、屁股等部位都不会有疱疹性咽峡炎的溃疡。
小儿咽峡炎的主要症状就是发热，通常为低到中度的发热，偶尔见到40度以上的高热。还有就是咽痛，婴幼儿表现为烦躁不安，不爱吃饭，流口水。稍大一点的孩子会说，嗓子很痛，咽东西的时候疼痛加重。
疱疹性咽峡炎的疱疹只在口腔内部，这是与手足口病的最大不同。而手足口病的儿童，大部分都是从喉咙开始出现疱疹，然后发展到四肢和四肢，很少会出现在四肢和背部，并伴有发热。
皮疹通常是米粒或绿豆大小，皮疹周围有红的灰色小疱疹或红色丘疹，不痛不痒，也不会结痂。另外，咽峡炎除了有细菌感染外，一般不会有脑炎等并发症。少数儿童患有手足口病，可造成心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜炎等并发症，尤其是重症儿童，病情进展迅速会造成死亡。
小儿患上疱疹性咽峡炎是有可能演变成手足口病的，主要原因，它们二者同发于夏秋季节，致病的病毒也相同，同为肠道病毒导致，如果疱疹性咽峡炎的孩子机体免疫力偏低时，是容易转变成手足口病的。
疱疹性咽峡炎与手足口病是有一定的区别，主要的原因区别就是，致病的病毒并不是同一种，疱疹性咽峡炎只是累及口腔黏膜，但是手足口病可以累及到手部以及足部，但是都是由于病毒感染导致的，治疗原则基本差不多。虽然疱疹性咽峡炎和手足口病有很大的区别，而且两者的症状严重程度也不是特别相同，但是都是要采取应用抗病毒的药物进行治疗。
一般情况下，疱疹性咽峡炎与手足口病区别主要有症状不同、发病部位不同等。
1.疱疹性咽峡炎：主要是由上呼吸道的急性炎症引起的，也可以是单个的，突然的高烧可以达到40度，伴有咽痛、食欲差、不吃东西等症状，在悬雍垂、软腭、咽腭弓区都会出现几个或几十个灰色的小疱疹。另外，也可能是在口腔的其它地方，疱疹破溃就会形成溃疡。
2.手足口病：症状为低热、咽痛、食欲差、口唇上有散在的疱疹和溃疡，手足、手臂、腿、臀部等部位会有皮疹，个别儿童会有严重的全身症状。
