一般情况下，两岁宝宝半夜发烧39度，可以通过药物治疗、物理治疗、日常护理等方法进行治疗。具体分析如下：
1.药物治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，属于高热的范畴，家长可以在医生的指导下使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂、小儿豉翘清热颗粒等药物给宝宝治疗。
2.物理治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，可以贴退热贴、用冰块冷敷额头、温水擦浴、等，达到物理降温的效果。
3.日常护理：平时多带孩子进行体育锻炼，具有增强体质的效果，还要多晒太阳。
一般情况下，两岁宝宝体温在38摄氏度算发烧，因为两岁的宝宝通过腋下检测的正常体温在36摄氏度到37.2摄氏度之间，38摄氏度明显超过正常体温的范围，一般属于地热，可能是宝宝机体受到病原体侵入的表现。若宝宝精神状态较好，没有出现哭闹、食欲不振等情况，通常采取物理措施进行降温即可，若出现持续性的哭闹、不爱吃饭、精神不佳等情况就需及时就医。
婴儿半夜发烧的原因，考虑是长牙、感染疾病、感冒等情况所引起，要密切关注发烧度数并进行妥善的处理。婴儿半夜发烧，要密切关注体温的变化，多喂水、不要盖得太多、如果发烧超过38度要立刻喂退烧药或送医就诊。
对于发热的幼儿，当体温超过38.5度时，需要使用药物退热，如果家中没有药物时，可以用物理降温，如可通过温水擦拭患儿的身体，也可用冰袋敷于患儿的腋下，颈部，腹股沟等大动脉处。同时要给幼儿多喂水，以补充发热消耗的水分。
宝宝半夜发烧39度应该及时遵医嘱使用口服布洛芬混悬液来治疗，要遵医嘱。
布洛芬混悬液的退热效果很好，一般在半小时之内会出现明显退热，但退热时间维持不稳定，大约4到6小时，但是该药用药间隔至少4到6小时，24小时运用最多不能超过四次，并且使用该退热药物的时候，一定及时给宝宝补水，避免造成脱水，另外要遵医嘱使用。
宝宝发烧38度，可以先不给宝宝用退烧药先进行物理降温，看看温度能否得到控制。可以用温毛巾擦拭一下宝宝的腹股沟，腋窝和颈部大动脉搏动的位置来降低宝宝的体温。还可以给宝宝洗一个温水澡水分蒸发的同时会带走一部分热量。由于发热期间呼吸快蒸发的水分多，所以要及时给宝宝补充水分，多喝一些温开水。如果通过物理降温的方式体温得不到控制，可以口服退烧药。
