长时间饮用纯净水，对身体不好，虽然看起来纯净水用起来十分方便，但是从纯净水的工艺流程来看，因为它进行了多次净化，虽然纯净，但是在滤过杂质的同时，把水中本来存在的对人体有益的矿物质也滤掉了。
纯净水中不含人体所需的矿物质，长期饮用会导致人体缺乏微量元素，从而引起四肢无力，精神不振等亚健康问题。纯净水的为弱酸性，长期饮用会破坏人体正常的酸碱平衡，使人体呈酸性。
孕妇长期喝纯净水不好，孕妇应该小心饮用纯净水。纯净水是从自来水中过滤出来的。虽然许多杂质被过滤掉了，但对身体有益的矿物质也被过滤掉了。这样的水凝聚成线团，渗透性差，不易被人体细胞吸收。大量使用时，也会带走人体内有用的微量元素，从而降低人体的免疫力，易患疾病，对胎儿有害。
宝宝可以喝纯净水，但是不要长期喝更不能只喝纯净水。不少家长认为矿泉水、纯净水比自来水干净安全，更适合给宝宝补水。其实，纯净水失去了普通自来水的矿物元素，而人体所需的微量元素很多必须从水中吸收，所以不宜长期用纯净水给宝宝冲牛奶或充当饮用水。
长期喝纯净水不好，对健康有明显的危害。人体的六大营养要素包括水，无机盐，纤维素，蛋白质，脂肪和碳水化合物。其中无机盐和水需要通过饮水，摄食共同来完成。而纯净水中，没有无机盐。如果长期饮用纯净水，可以导致体内矿物质的不足，出现缺钙，缺镁等改变。
喝纯净水通常不会得软骨病。
软骨病是由于人体缺少维生素D造成的，又称为维生素D不足性佝偻病。而软骨病的人，不管是饮用纯净水、矿泉水、过滤的水，都不会造成这种情况。软骨病一般是因为人体缺少维生素D，造成身体的钙磷代谢异常，从而导致钙在骨骼中的沉淀，从而造成骨骼的发育不正常。通常是由于先天性或后天性造成的维生素D不足导致的，比如孕妇体内缺乏维生素D，孩子出生后没有晒太阳，皮肤较少接触到阳光，导致维生素D很难合成，或者是食物中缺乏维生素D。
