灌肠对肠粘膜可造成不同程度损伤。
灌肠是将一定量的溶液直接注入直肠结肠，刺激直肠结肠的蠕动而引起排便，但是可引起肠粘膜水肿、易拉肚子，可有腹痛，不过一般是一过性的，不发生肠炎之类的疾病，无法服药，则可考虑灌肠。如果需要长期使用，最好还是要用一次性肛管，因为肛管套在直肠里比较舒服。儿童一般不宜灌肠多使用肛塞药品，肠道黏膜薄弱，完全吸收药品。
一般来说，长期灌肠对人体的危害是有很多的，具体内容如下：
1.长期灌肠对肛门括约肌会有损伤，有可能出现肛门括约肌失调，从而导致大便失禁或排便反射减退。
2.长期灌肠还有可能损害肠道的黏膜，药物洗剂肠道黏膜，容易增加患病的风险。
患者在治疗期间注意清淡、易消化饮食，尽量避免吸烟饮酒，减少高热量、刺激性、生冷食物的摄入。还可适当进行体育锻炼，有助于增强体质。
灌肠可以治疗很多疾病，不同疾病选择药物也不同。最常见的是数日未大便，大便干燥，不能排出，可以用开塞露灌肠以助通便。儿科常用的是用疏解退热液灌肠退热。另外溃疡性结肠炎及克罗恩病也可以灌肠，减轻局部炎症。但无论是发烧还是炎性肠病，灌肠都是辅助治疗。还需要口服药物解决根本病因。灌肠一般侧卧位，灌肠后侧侧10分钟。
直肠黏膜皱褶少，无绒毛，吸收面积小，药物吸收比较缓慢，进入血液循环的药量特别有限。另外，灌肠也不是一种安全、无菌的给药方式，肠道内含有很多细菌，有可能随着滴入液进入肠道深处，造成污染。
可以，直肠炎多数会采取灌肠的措施进行治疗，因为灌肠可以直达病灶，不用打针，也不用吃药，直接把药灌进肠道内冲洗效果上会更好，不过灌肠也是有技术的，并不是自己在家里随便可以，在灌肠的过程中需要注意，按照正确的方法，并且要了解到前后步骤。
一般来说，灌肠治疗的方法主要适用于长期便秘的患者，其他患者一般不建议使用。
长期便秘体内的毒素不能及时排除，时间久了容易引发衰老、雀斑、痤疮等疾病。另外，长期便秘会引起肛裂、痔疮等疾病，甚至直肠癌、结肠癌等疾病，所以灌肠治疗可以预防上述疾病。一般灌肠药物主要是用一些生理盐水或者一些清热燥湿止泻的中药，效果很好。