巧克力囊肿手术后还会痛经，在手术之后还会有痛经的症状，这主要是因为本身的痛经并不是因为卵巢肿大所导致的，或者说痛经除了巧克力囊肿之外还有别的诱发因素，所以会导致做完了巧克力囊肿手术之后依然会痛经。
巧克力囊肿在腹腔镜手术中出现了创痛的症状，需要在医生的指导下进行治疗。
1、腹腔镜下的腹壁穿孔疼痛，一般是因为穿刺孔伤和病人的血管引起的皮下血肿，或者是在穿过肌肉的过程中，会对肌肉造成轻微的伤害。
2、巧克力囊肿术后会出现轻微的疼痛，但随着时间的推移，这种疼痛会慢慢消失。
3、术后出现持续的腹部疼痛，要考虑是不是手术效果不理想导致的，要考虑是不是手术后出血，还是巧克力囊肿的特殊性，以及手术中有没有损伤到其他器官，例如输尿管、肠道等。
所以，手术后术区的疼痛，一定要仔细的分析，找出原因，然后再进行治疗。
做完巧克力囊肿手术后又复发，可以考虑用绝经的假绝经的疗法，让她不来月经，囊肿就能好一些。或者巧克力囊肿复发了，手术以后，一定打一些针，术后好好用一些药，让不来月经，假绝经疗法，去治疗巧克力囊肿。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
巧克力囊肿手术之后要注意，定期复查肝功能，生活上要注意的，就是好好休息一个月，一个月内不能性生活，不能盆浴，不能游泳。生活上还需要注意的就是不要吃冷冻的食物，不要抽烟喝酒。
巧囊即子宫内膜异位症的一种，即子宫内膜异位到了卵巢。随着月经周期可以周期性脱落出血所以随着月经周期的规律，慢慢出现腹痛。所以还是手术切除，不然以后可能要不了孩子。