非淋球菌性尿道炎是由衣原体、支原体等淋球菌以外的其它病原体所引起的尿道急慢性炎症，因此在治疗上主要是使用抗菌药物。
由于这种尿道炎可以通过性接触传播，因此在治疗期间要采取防护措施，避免交叉感染。
临床上治疗非淋菌性尿道炎的药物有三大类，其中以大环内酯类使用最为广泛，常用的有阿奇霉素片、红霉素肠溶片等。此外，盐酸环丙沙星片、氧氟沙星胶囊等喹诺酮类药物，也可以用于非淋菌性尿道炎的治疗。
非淋菌性尿道炎通常是好治疗的。
治疗非淋菌性尿道炎可采用抗生素药物和消炎抗感染等药物治疗，还可多吃有清热利尿作用的食品来协助治疗，从而达到根治的效果。非淋菌性尿道炎病人在治疗过程中，要注意尿道口干净、卫生，要天天用温水冲洗，不要久坐不动，同时还要保持良好的生活规律才能快速康复。
通常来说，非淋菌性尿道炎是否会导致前列腺炎，需要视情况而定，具体分析如下：
非淋菌性尿道炎只要在10-14天内得到彻底的治疗，一般不会发展成前列腺炎，也不会有其它的并发症。如果不及时治疗非淋菌性尿道炎，引起病情的拖延，或是在治疗期间不注意个人卫生，不规律的生活，都会引起前列腺炎症，从而影响到患者的生活和康复。
首先需要多饮水，多排尿，对泌尿系统起到一个冲洗作用，要到专业的科室检查，分泌物，做细菌培养，加药敏试验，这样才能有针对性的用药，这期间避免有性接触。多考虑尿道的炎症反应才会出现，非淋菌性尿道炎属于一种性传播疾病。
如果尿道有分泌物，并且已经被诊断为细菌性阴道炎，可以通过静脉注射抗生素来治疗感染。治疗期约为7-10天。同时，外用药物也可以用来冲洗局部区域。其次，应注意当地卫生，经常更换内衣，并将内衣暴露在阳光下。
非淋菌性尿道炎在出现上行感染的时候，也有可能会导致前列腺炎的出现，如果发现阴茎上有一些比较小的小水泡，也有可能会是急性浅表性的龟头炎所导致的一般主要是由于包皮过长或者是严重的刺激所引起的。应该及时的进行治疗，治疗的时候会使用消炎之类的药物治疗，或者是进行输液治疗。
