自然流产没流干净首先要检查B超，根据胚胎组织残留的大小，判断吃药还是手术治疗，具体情况如下：
若直径小于20mm的胚胎组织，可以益母草、五加生化胶囊等活血化瘀的药物，帮助排出胚胎组织。服药1周左右，判断药物治疗效果要去医院复查B超。服药期间适当活动，帮助排出组织物。同时，不吃生冷、辛辣、刺激的食物，可以吃一些蔬菜、水果等。若B超显示组织物直径超过20mm，且数量较多，通常吃药治疗效果不大，建议进行清宫手术。
自然流产吃活血化瘀药物排干净，促进子宫收缩，利于宫腔内积血的排出。在阴道没有见血情况后，去医院复查超声，看是否流产干净。自然流产后要注意休息，避免劳累禁止同房一个月。下次怀孕间隔超过半年，不可以过早的怀孕。
女性在自然流产之后，饮食上应该讲究一些，应该多吃有营养、好消化和吸收、利于子宫和身体恢复的食物，可以多吃鸡蛋、红糖、汤类以及小米等食物，也可以多吃瘦肉、大豆、大枣以及新鲜的水果和蔬菜。因为这些物质当中含有丰富的蛋白质、维生素和矿物质元素，还能够补血，有利于流产后女性身体的恢复。
自然流产后推荐口服抗生素和促进子宫收缩的药物，亦可口服补血药。
平时也要留意阴道出血，若出血量大，出血时间较长，推荐B超检查，观察宫腔有无淤血，讲究个人卫生，忌不洁行为。
平时的饮食要多加注意，勿食刺激性辛辣、过于油腻的食物，饮食上尽可能以清淡营养为原则，蛋白质、维生素可以适当的补充。通常食用高营养、高维生素和高蛋白食物。
自然流产后主要禁忌生冷的额东西，需要多休息的术后2周内适当卧床休息不做重体力劳动。使身体尽快恢复正常。保持外阴部清洁卫生每天用温开水清洗，勤换卫生巾和内裤。一个月内禁止性生活，定期复查。