腘窝囊肿通常都需要在手术切开治疗。在手术直视下将腘窝囊肿完全分离，完整的将整个囊壁切除下来。术中可以根据腘窝囊肿大小，决定是否先切开囊肿，将囊液放出，再做出进一步的囊壁剥离。
可自我愈合，不需手术。腘窝囊肿可分为先天和后天两种，前者多见于儿童，后者可由滑囊本身的疾病如慢性无菌性炎症等引起，部分是并发于慢性膝关节病变而导致的。老年人发病则多与膝关节病变如骨性关节炎、半月板损伤等有关。
平时注意减少腘窝的活动，尽量减少膝关节处的刺激，爬楼梯或者长时间蹲的姿势尽量避免对于小的囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。严重的囊肿可考虑手术。
儿童腘窝囊肿是因为炎症引起的膝关节积液，膝关节活动使滑液向后移动形成腘窝囊肿，常见表现有发胀疼痛，症状严重可以影响活动，如果囊肿较大则建议手术治疗，注意休息避免膝关节过度活动。
通常情况下，儿童腘窝囊肿是滑囊疾病、膝关节炎、半月板损伤等原因引起的，具体分析如下:
腘窝囊肿指腘窝深部滑囊肿大或膝关节滑膜囊向后膨出的统称，引起膝后部疼痛和发胀，并可触及有弹性的软组织肿块。儿童腘窝囊肿的病因和发病机制极为复杂，至今未完全阐明，多与滑囊疾病、膝关节炎、半月板损伤等有关,建议家长带孩子去医院检查，明确病因，然后对症进行治疗。
要确定右腘囊肿的发生，首先应考虑囊肿的大小。如果囊肿很小，对正常运动没有影响，通常进行保守治疗。然而，如果囊肿相对较大，将严重影响膝关节的运动，需要进行手术治疗。