手术前做全身全面检查，了解大概的临床病理分期，这个是叫手术前的分期，也叫临床大概分期。手术后病理分期，就是手术以后拿下来的东西进行化验，再结合全身检查，这个叫临床病理分期，属于国际通用，非常准确的分期。
甲状腺囊肿切除后需要做病理检查的。因为甲状腺囊肿有部分存在恶变的可能性，所以要排除甲状腺癌的可能性。如果是甲状腺癌，需要进一步手术及化疗等治疗。病理检查是为了验证诊断，如果是囊肿可以不用继续治疗，如果不是囊肿而是腺瘤或者恶性肿瘤就需要手术后继续治疗。
甲状腺组织的病理改变不均匀，光镜下滤泡失去完整性。在正常的甲状腺素水平基础上，有相当一部分病人出现高滤泡性结节。
血管内皮细胞增生并有不同程度变性坏死，毛细血管壁增厚呈瘢痕样变化。典型的病变是包绕多核巨细胞，滤泡损害，其中心是胶质，进一步发展为肉芽肿。周围组织可见大量中性白细胞浸润。间质有炎性反应。纤维增生和血管生成等病理改变。久而久之，表现为不同程度纤维化和滤泡区域再生。
桥本氏甲状腺炎的病理学变化主要表现为间质中的淋巴细胞侵犯和滤泡上皮细胞的嗜酸性损害，淋巴结细胞的渗入和渗出的数量不等。
桥本氏甲状腺炎在显微镜下通常会形成一个带有生发中心的淋巴滤泡，同时还伴随着浆细胞、组织细胞、免疫母细胞、多核巨细胞的侵袭，这种情况比较严重，会出现与淋巴瘤相似的情况，如：甲状腺滤泡被破坏，胶质减少或缺失，细胞细胞增殖，细胞增殖，或出现鳞状化生，从而出现鳞状细胞窝，滤泡上皮嗜酸性变，细胞核扩大，没有核分裂，小叶的组织依然保留，细胞性嗜酸性细胞和明显的上皮混合液。
胃镜病理活检是指胃镜检查时，如果发现胃里有赘生物或者其他异常组织，就会用活组织钳夹取一小部分胃组织，然后切片，在显微镜下观察。胃镜病理活检是一种非常可靠的病理检查方法，它能帮助病人明确诊断疾病，为临床治疗提供依据。多用于判断赘生物的性质、类型等，有助于医生通过检查结果，明确具体病因，方便进行下一步治疗。
甲状腺癌除未分化癌外，对放疗和化疗不敏感，主要用手术治疗。乳头状腺癌和滤泡状腺癌术后应服用激素。远处转移的乳头状腺癌和滤泡状腺癌可行全甲状腺切除后行放射性核素治疗。病理类型，乳头状癌、滤泡癌及髓样癌，年龄愈小，预后愈较好。