幽门螺旋杆菌感染目前治疗方案倾向于四联疗法。
四联疗法包括：奥美拉唑肠溶胶囊、雷贝拉唑钠肠溶片、兰索拉唑肠溶片、复方铝酸铋颗粒、磷酸铝凝胶、果胶铋等胃粘膜保护剂。阿莫西林、克林霉素、盐酸左氧氟沙星、替硝唑、呋喃唑酮、四环素等抗生素均可分为两组，治疗周期为2周，停用1个月后，对C14和C13进行复查，以确定是否已根除。
通常情况下，对于幽门螺杆菌的感染，中药有一定的疗效。
中医通过对疾病的原因进行调理，能够刺激体内的气血，增强机体的免疫力，从而有效地控制幽门螺旋菌。可以口服龙胆泻肝丸、参苓白术散、龙胆泻肝丸、香砂养胃丸、舒肝和胃丸等。中脘穴、天枢穴、足三里、关元穴、太冲穴、三阴交等穴位都可以进行针灸治疗。还可以通过按摩小腿的胃经，来减轻由幽门螺杆菌感染所致的肠胃不适。
人的身体具有很强的免疫防御能力，如果有外来的病原体侵入，可以引起免疫应答，从而消除幽门螺杆菌，因此幽门螺杆菌具有自我修复的能力，但是这种病毒和其它的细菌相比，有一定的特异性，它在局部的表现要比一般的弱。患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
幽门螺杆菌是胃内的一种细菌，在正常人群当中可能有40%-50%的人有此类病菌，幽门螺杆菌很少能够自愈，但有一部分人习惯进食生蒜可能起到一部分的抑菌作用，但绝大多数来讲幽门螺杆菌很少能够治愈。
通常情况下，幽门杆菌弱阳性可以通过使用药物进行治疗。
如果发现幽门螺旋杆菌呈微弱阴性，说明患有幽门螺杆菌，如果检测结果低于标准，可以暂停使用药物，一个多月后复查，如果结果为阴性，则要进行彻底的根除。四联、长疗程的治疗是最理想的治疗方法。对青霉素过敏的患者，可以选择阿莫西林和克拉霉素，艾司奥美拉唑，胃铋镁，两个星期。在停止使用后的一个多月内进行一次随访。
幽门螺旋杆菌是慢性胃炎合并幽门螺旋杆菌的首选药物。可以在医生指导下口服奥美拉唑、枸橼酸秘钾、2种抗生素如阿莫西林、甲硝唑等药物，在服药2周后停止使用C14呼气试验检测幽门螺旋杆菌。
如果是慢性胃炎，可以通过服用硫糖铝等胃粘膜保护剂来保护胃粘膜，减少胃酸等因素对粘膜的损害和刺激；可以通过服用多潘立酮来促进食物的消化和吸收。要经常做好胃镜检查，避免病情进一步加重。