如果发病后48小时内全身状况良好，可用空气灌肠或钡灌肠治疗。如果宝宝在恢复后因进食和胆汁而呕吐，可以考虑再一次肠套叠，可以再次做腹部彩色多普勒超声检查，或者x光检查，如果能看到杯影、环影或柱影就可以诊断出来。
孩子胃肠道感染容易出现饮食差，嗜睡需要注意排除是否合并中枢神经系统感染。必须去医院检查。先完善血常规、大便常规，排除胃肠道感染的情况。如果孩子精神持续不好，需要检查脑脊液看是否有颅内感染。
会出现相应的排便困难，也就是肠道梗阻的关系，比如长时间不能大便，或者大便有血性物质。这种治疗的方法有多种，一种来说，使用空气治疗法将相应的套叠部位复原，还就是手术进行治疗。
通常肠套叠痊愈后，注意饮食，避免饮食不当引起的腹泻，尤其是小儿抵抗力差，季节的变化、易受寒等原因容易导致腹泻，导致肠套叠更加严重。所以在生活中要注意保暖、避免受寒，避免各种容易诱发肠蠕动紊乱的不良因素。
发生过肠套叠的小儿容易再次发生肠套叠。小儿腹痛可能跟腹部肿大淋巴结有关，也可能小儿偶尔着凉腹痛。如无发热症状，可不必长期吃消炎药物。短期吃上一周即可。如出现呕吐等肠套表现，需再次复查腹部彩超。不要让小儿吃冷硬食品，可经常用小暖水袋热敷腹部。
肠套叠又称为直肠黏膜内脱垂，是指一段肠管套入与其相连的肠腔内，并导致肠内容物通过障碍。中老年病人以排便不尽感为主要症状，伴直肠排空困难、肛门阻塞感，用力越大，阻塞感越重。少数病人在排便时有下腹部或骶部疼痛。可通过电子结肠镜、双气钡灌肠、肛门镜检查等明确诊断。