多囊卵巢和卵巢囊肿相比，多囊卵巢更为严重。是因为多囊卵巢属于内分泌疾病，常常是由于遗传因素和环境因素相互作用导致的，由于卵泡不能正常生长发育和排出，因此就会导致女性出现月经失调、面部痤疮，甚至肥胖等其他并发症，还可能影响女性的生育功能。卵巢囊肿可能是生理性囊肿，也可能是普通的卵巢囊肿，或者是子宫内膜异位症导致的卵巢巧克力囊肿这些疾病通过手术治疗以后往往都可以治愈，而且不容易影响女性正常受孕。
引起卵巢囊肿的原因主要以下几个因素：遗传因素，20%～25%有家族史；内分泌因素，临床上很多基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素，而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果；此外还有生活方式因素以及环境因素。
多囊性卵巢囊肿属于体内激素水平失衡引起的内分泌失调，严格来说不是疾病。及时进行手术切除就可以了，术后注意休息，避免食用油腻的食物，食用适量的蔬菜和水果，增加蛋白质的摄入量，多补充水分。保持良好的心情，能够有效的保护卵巢不受伤害。
如果比较严重是会对受孕造成困难的，但是如果病情不是特别严重，有发育成熟的卵泡也是可以自然受孕的，多囊卵巢综合症是由于体内激素水平异常造成的卵子多，但是没有发育成熟的卵泡，有可能还会出现多毛痤疮，月经不调，身体肥胖等情况的。
多囊卵巢囊肿可以是生理性的（即是正常的随生理周期的变化可以自然消失的）或病理性的（由于疾病而形成的囊肿），生理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。