牙结石会引起牙疼，虽然牙结石本身不会引起牙疼，但是牙结石是会引起牙龈发炎，牙龈发炎就会引起牙疼。长期的牙结石刺激牙龈会引起牙龈炎症，炎症的会出现牙周病，表现为牙龈萎缩，牙根暴露，牙齿松动。
去除牙结石不疼，现多采用超声波洁治术，即通过超声波的高频震荡作用把牙齿表面的牙结石等击碎，再通过洁治机产生的水雾将碎石冲刷下来吸入吸引器，过程卫生安全，正规操作对牙齿是没有损伤的。
区别是牙垢分软垢和结石，附着在牙冠、牙颈部表面，一般呈现深黄色，而黑色的可能是菌斑，或者是龋病，而菌斑会引起龋病。如果是虫牙要及时抓紧时间去正规的医院补牙，因为小黑色的斑点，如果任其发展可能会造成大问题。
通过牙周洁治，能够去除龈上牙石和部分龈下结石，再用手动刮治的方法，去除龈下剩余少量结石，牙结石即可清除干净。全口洁治后牙齿较敏感，1-2周内不能吃过热过凉食物，以免受到冷热刺激。
牙结石是牙齿进食之后没有及时清洁，食物残渣或者是软垢在牙齿牙龈炎处堆积，时间久了在唾液的钙化下形成牙石。牙石分为龈上牙石和龈下牙石。牙龈缘上方的牙石可以通过超声波洁牙机去除，牙龈下方的牙石需要进行龈下刮治，是采用手动器械进行刮除。牙石是牙周炎的始动因子，如果不及时去除，进一步发展形成牙龈炎或者是牙周炎。
可以肯定的是治疗牙周病去除牙结石是不会疼的。
牙周病的治疗主要是基础治疗，主要包括菌斑控制、龈上洁治术和龈下刮治术。去除牙结石的方法主要有龈上洁治术和龈下刮治术，因为牙结石堆积在牙齿表面，刺激牙龈，导致牙龈发炎，这时候牙龈萎缩，牙龈萎缩，牙齿的牙根和雅颈部暴露出来，牙根和牙颈部对冷热刺激非常敏感，但是不会产生剧烈疼痛。