三个月宝宝消化不良可以采取药物治疗和物理治疗。
家长可以给三个月宝宝应用山楂或者麦芽给孩子熬水喝，从而可以起到消食、助消化的作用。其次是给三个月宝宝按摩，可以按揉儿中脘穴，中脘穴位于肚脐眼向上4寸的部位。可以用中指点揉中脘穴，从而起到良好的助消化作用。此外是给三个月宝宝服用消食化积的中成药，比如小儿消积止咳口服液。
消化不良宝宝应避免进食，可以服用药物改善症状。
孩子的消化不良主要是因为饮食方面的原因，如：暴饮暴食、胡乱喂孩子等，容易造成孩子的消化系统出现问题，增加胃肠的负荷，从而影响到孩子的消化。如果出现了这个症状，可以口服妈咪爱或小儿消积冲剂，这样有助于宝宝的消化功能恢复，同时还可以多吃含有丰富的维生素，例如果汁等。
宝宝消化不良的症状主要有恶心、干呕、呕吐、上腹部不适、食欲不佳、不愿意吃东西，其次大便次数增多，每天2-3大便，大便性状比较稀，或看到明显的食物没有完全消化的残渣。
出现了消化不良的情况要注意多给宝宝喂水，减少辅食的摄入量，尽量吃米粥，烂面条等消化易吸收的食物，不要吃干果，肉类，鸡蛋白等不容易消化的食物，以防加重消化不良的情况。
推拿按摩可以帮助宝宝有效的缓解消化不良的症状。
宝宝消化不良可能是喂奶过多、胃肠蠕动国内较弱、辅食不易消化等因素导致的，通常可以通过小儿推拿来缓解。通过对宝宝身体上进行推拿，刺激穴位，帮助胃肠蠕动，缓解不适症状。
建议在日常按宝宝生长情况进行喂食，不要一次性喂太多，也不要过早喂辅食，避免宝宝消化不良。
宝宝消化不良推拿的方法主要有:
一、按揉推四横纹，四横纹在手掌中、食指、无名指、小指的第一间关节横纹，左手握住小儿手指，右手食指或中指指端按揉四横纹穴大概23分钟，可以推四横纹穴，用右手拇指从小儿食指横纹处推向小指横纹，50-100次。
二、按揉推板门穴，板门穴在小孩手掌大鱼处，左手握着小儿手指，右手拇指蘸骨石粉按摩板门穴，顺逆时针都可以，还可以用推法，拇指指根推向腕横纹，可以止腹泻。
三、推脾经穴，脾经穴在小孩拇指桡侧面，左手无名指或中指夹往小孩左手食指，用拇指与中指捏住小儿拇指，用右手拇指蘸骨石粉直推小孩脾经穴，从拇指指尖推向拇指根，推50-100次，单方向推不要来回推。
一般宝宝消化不良可以喝小米粥。
孩子有可能会有消化不良，最好是多吃点小米粥、玉米面等，有助于消化。日常生活中要避免让孩子多吃，要多喝一些温水，饭后可以进行腹部按摩或者是热敷。
如果宝宝消化不良的情况较为严重。建议及时前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。注意平时少吃辛辣刺激的食物，保证睡眠充足，尽量不要熬夜。