脚气与灰指甲的治疗是不同的。脚气主要是外用抗真菌药，灰指甲的治疗需要口服抗真菌药，单纯外用抗真菌药物是不行的。口服抗真菌药物之前要查肝功能，肝功能正常才可以服用。
平时需要保持足部干爽、通风，勤洗脚、勤换鞋袜，定期清洗、消毒洗脚盆，烫洗鞋袜，避免与他人共用拖鞋、浴巾等。脚气出现脱皮时，局部首先外用抗真菌的软膏来治疗。一般需要坚持足够疗程，治疗1个月以上。
有灰指甲的人基本上都有脚气，很多人都是脚气多年之后慢慢的形成灰指甲，这也是灰指甲形成的一个重要原因之一，就是脚气没有得到很好的控制以及治疗，进而真菌蔓延到指甲上，时间久了就会造成灰指甲的出现。引起的原因就是足局部受外伤，致使真菌定植而造成真菌感染，导致灰指甲的出现。还有一个原因就是直接形成的脚气灰指甲，可能为鞋袜比较潮湿，或者自身体质的原因。
如果患者存在脚气长期不治疗的情况，那么足部真菌很可能会感染到脚部趾甲破损处，发生甲下真菌感染，造成灰指甲。建议患者选用抗真菌药物进行治疗，能够达到较好的杀菌功效。
推荐患者可选用亮甲牌复方聚维酮碘搽剂这类外用搽剂治疗，既可避免口服抗真菌药物带来的肝肾负担，其阿司匹林分解后还有助于药液更好地渗透甲下，帮助药效成分的吸收。脚气引发的灰指甲患者平时需使用药膏或泡脚药物来改善脚气，同时在医生指导下长期用药治疗灰指甲，约两个月后通常可见症状改善。
脚脱皮是足癣的常见表现，但是脚脱皮不一定都是脚气，出现脚脱皮的情况还有以下几种，比如湿疹，剥脱性角质松解症，汗疱疹等。脚气一般单侧发病，除皮外还可出现红斑，水疱，浸渍，糜烂等表现，边界清楚，真菌镜检可以查到菌丝能帮助确诊。湿疹一般对称发病。