脑干梗塞早期很难根治，如果超早期达到溶栓的适应症，可以进行溶栓，如果效果好，可以溶解血管中的血栓，让血管重新开放，不会留下较大的后遗症。
但对于梗死面积大，血管动脉硬化严重，不稳定斑块破裂的病人，即使提前进行溶栓，一般也会留下一些后遗症，比如吞咽困难，肢体活动不良，麻木，偏瘫，语言迟钝，饮水呛咳等等。
脑干梗塞会引起头晕，或者进食饮水呛咳或者肢体活动不灵、肢体麻木等症状。治疗方面与普通的脑梗塞治疗方案都一样，急性期需要输液治疗，使用改善脑部循环，营养脑神经，疏通经络的药物。
脑干梗塞比较严重,比其他部位梗塞的危险更大。脑干是人体的生命中枢,有呼吸、心跳中枢。一旦脑干梗塞的发生面积比较大,容易导致患者出现脑干水肿,进而形成脑疝,导致患者的延髓被压迫,容易形成呼吸、心跳骤停,危害到患者的生命。患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
可能会有头晕目眩、耳鸣耳聋、视物模糊、恶心呕吐、血压升高、口眼歪斜、面部麻木、吞咽困难、意识障碍、走路不稳、共济失调、复视、偏瘫、四肢瘫等症状，不同的人可能出现的症状不同。
脑干梗死后的康复时间取决于病人的康复时间。
大部分脑干梗死病人都会有很大程度的神经功能紊乱，甚至会有一些意识上的问题，例如睡眠、昏厥等。此外，大部分病人还有语言能力的问题，主要有说话困难、说话困难、喝东西时会呛到。这些病人在入院的时候，往往会有一些并发症，例如：吞咽功能减退，四肢活动障碍，或者是肺部感染等。要等病人出现了严重的言语功能和动作功能的问题，并且意识清醒，肺部感染也得到了有效的治疗。一般是2-4个星期或更长时间。
脑干梗死最危险的时候是发病后的7-10天。
因为这段时间是脑水肿的高峰期，如果不及时治疗，可能会出现脑疝或者脑损伤等并发症，脑梗死比较危险，因为大脑是我们身体的主要支配中枢，如果出现梗死，根据梗死的部位和大小有可能导致患者生命危险，需要及时治疗，后期还要进行功能锻炼。脑干梗死病人，由于长期卧床、肺部感染、泌尿道感染等原因，要经常做好翻身拍背、做好各种导管、口腔护理，防止感染。