眼睛周围扁平疣可以通过药物治疗或者手术治疗。建议去正规医院的皮肤科进行治疗，医生会根据疣体的大小和生长速度选择不同的治疗方案。
疣体较小者，可在医生指导下适宜抗病毒类药物外涂，以祛疣体，也可以口服免疫制剂，如转移因子、胸腺肽、香菇菌多糖等。在短期内生长速度比较快或者疣体较大的患者，可以在医生建议下采取激光疗法，术后要保持皮肤清洁干燥，使用消炎药物，避免感染留下疤痕。
一般情况下，扁平疣通常不会长在肛门处，但肛门处可能出现类似扁平疣的皮疹，具体内容如下：
扁平疣通常会发生在患者的肢体部位，一般不会长在肛门处。但是，肛门处可能会出现扁平湿疣，其外观类似于扁平疣，多为淡粉红、密集分布的扁平样疣体，这是二期梅毒的特征性表现之一。因此，如果患者肛门处出现了类似扁平疣的皮疹，患者应及时就诊，明确病情后对症进行治疗，以免耽误病情。
扁平疣是由人类乳头瘤病毒引起的，大部分都是骤然出现，通常为针头至米粒大或稍大的扁平丘疹，呈圆形或不规则形，略高于皮肤表面，也可显著地凸起而形成圆顶状.表面光滑，境界清楚，触之较硬，为浅褐或灰白，淡黄或正常皮色.大部分散存在或密集成群。
可采用冷冻和激光治疗。另外，根据病情可采用抗病毒药物治疗。扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的。可以到正规医院皮肤科检查，在医生指导下进行治疗。平时要注意皮肤卫生，避免挤压摩擦，防止出现增大增多。
一般来讲，眼睛上长的是扁平疣，通常是长在上眼睑和眼角，结膜上不会有扁平疣。这位扁平疣的初期疣体较小，可用抗病毒药物或局部涂擦阿昔洛韦。通常在治疗半个月后，疣体就会自动脱落。有些病人可以在不需要任何治疗的情况下自行恢复。如果身体太大会影响美观，可以选择激光手术或外科切除。扁平疣是由人乳头状瘤病毒感染引起的。
扁平疣长在眼皮可以考虑冷冻、激光、电灼、刮除。眼皮长扁平疣是眼皮感染人类乳头瘤病毒引起的良性赘生物，典型皮肤损害为米粒到黄豆大小的扁平隆起性丘疹，圆形或椭圆形，表面光滑质硬，正常肤色或淡褐色，数目较多密集，多可以自行消退。如果扁平疣不严重，可以使用外用药膏。如果长在眼皮上的扁平疣非常严重影响了美观和日常的生活，时候应该去医院采取激光去除的方式。