卵巢囊肿是有可能影响怀孕的，卵巢囊肿是卵巢肿瘤的一种，卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，当卵巢受到破坏时是会造成不育的，如果同时伴有进行性加重的痛经及性交痛、盆腔有触痛性结节，则应考虑子宫内膜异位症（即巧克力囊肿），采取不同的治疗。
卵巢囊肿大多并不影响怀孕，但若为巧克力囊肿是子宫内膜异位症所致，可致不孕。引起不孕的原因有很多，男方有精子成活率低、输精管堵塞等会引起不孕，女方有妇科感染、不排卵、输卵管不通、抗精子抗体阳性等可能会引起不孕。
卵巢囊肿可能会引起月经失调和不孕。
由于受到卵巢激素分泌的影响，可能会引起卵巢囊肿，存在引发月经失调和不孕的可能性。比如，性索间质的卵巢肿瘤通常会分泌雄激素、雌激素等激素，可能引起卵巢囊肿，还可能导致女性体内的雄激素水平过高，进而对女性的生殖功能产生一定的负面作用，导致女性无法正常怀孕，也会影响月经的正常来潮。不过经过治疗后，这种情况通常会有所改善。因此，女性要注意积极接受治疗，以免影响身体健康。
卵巢囊肿是需要做彩超进行检查的。卵巢囊肿常分为生理性和病理性的，如果是生理性的，一般无需治疗，会自行消失。如果是病理性的并且卵巢囊肿比较小，那么可以考虑保守治疗的方式。
一般来说，患有卵巢囊肿要做肿瘤标志物检查，主要是因为卵巢囊肿大部分属于妇科良性肿瘤，但是还要排除有恶性程度的可能性，所以通常最好做肿瘤标志物的化验检查。此外，如果患者是卵巢囊肿，同时伴有痛经的症状，通过肿瘤标志物检查，如果检查发现CA125出现轻度升高，就高度怀疑是否由于子宫内膜异位症引起的囊肿，通常可为临床上下一步的治疗提供可靠依据。
一般卵巢囊肿这种疾病是不会影响排卵的。具体情况分析如下：
卵巢囊肿主要是长期慢性炎症刺激，导致卵巢的腺管堵塞之后，不能很好的分泌液体，从而形成的一种肿块。大部分卵巢囊肿都是良性病变，因此对患者的内分泌影响不大，不会使得患者出现排卵减少，或者是不排卵的情况，但是卵巢囊肿可能会压迫到局部的肌肉组织，引起腹部疼痛，所以建议患者及时治疗。