口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
经常长口腔溃疡的原因是与情绪焦虑抵抗力下降有关，平时注意调整情绪，清淡饮食，均衡营养，就会好转。反复发作口腔溃疡可以口服多维元素片补充人体必需维生素微量元素。
口腔溃疡和平时的生活饮食习惯以及维生素缺乏，免疫力下降等引起来的。溃疡发作及时清除口腔内的食物残渣，用点淡盐水漱口，喷点药物等，还需少吃辛辣刺激性的食物，多吃新鲜的瓜果蔬菜，有时间多到户外活动，增强自身的免疫力，防止感冒。
经常发生口腔溃疡可以服用维生素B类的药物来治疗，比方说维生素B12，它可以有效地缓解疼痛。复合维生素B也是可以减少口腔溃疡的发生。更重要的是合理膳食，多吃含维生素B类的食物，比方新鲜水果、蔬菜、动物内脏、瘦肉等。
口腔溃疡的病因复杂，也存在着明显的个体差异，可能和自身免疫力有关系，经常上火可能引起口腔溃疡，也可能和遗传因素有关，也可能和系统疾病有关系，口腔溃疡有时候可能是全身疾病在口腔的表现，环境因素比如食物中缺乏锌铁等元素，缺铁可能导致口腔粘膜的脆性增加，如果受到外力作用也容易引起口腔溃疡，或者维生素缺乏有关。
孩子经常口腔溃疡，应该检查是否缺乏维生素B族或者是否有贫血，可以根据情况补充。如果缺乏维生素B族可以补充动物的肝脏、蛋类、奶类、新鲜的水果和蔬菜、豆类和粗米面等。