通常情况下，可以通过病因、肠道病变、临床症状来区分宝宝消化不良和肠炎。具体分析如下：
宝宝消化不良与受凉或饮食不当有关，而肠炎通常由病毒或细菌感染引起。除此之外，肠炎因为病毒或细菌侵袭，肠黏膜受损，大便可出现红细胞、白细胞等，而消化不良没有；肠炎的孩子常常伴有腹痛的情况，如果是细菌感染，有里急后重等表现，是病毒感染通常表现为水一样的大便，而消化不良一般是大便稍有点稀，里面带有不消化的食物残渣，所以可以通过病因、肠道病变来区分宝宝消化不良和肠炎。
三个月宝宝消化不良可以采取药物治疗和物理治疗。
家长可以给三个月宝宝应用山楂或者麦芽给孩子熬水喝，从而可以起到消食、助消化的作用。其次是给三个月宝宝按摩，可以按揉儿中脘穴，中脘穴位于肚脐眼向上4寸的部位。可以用中指点揉中脘穴，从而起到良好的助消化作用。此外是给三个月宝宝服用消食化积的中成药，比如小儿消积止咳口服液。
消化不良是肠炎还是胃炎说法错误。
肠胃是相连的，不能简单的分为肠炎和胃炎，所以消化不良是肠炎还是胃炎说法错误。如果出现了胃炎或者是肠炎，那么就会出现消化不良的情况，而胃胀感、腹痛、胃肠动力不足是症状，可以口服消化曲美布丁、莫沙必利等治疗。
患者平时应该饮食宜清淡、易消化、富含营养，注意防寒保暖，加强体育锻炼，增强体质，并定期复查。
宝宝出现消化不良的症状，会出现恶心、呕吐、腹胀、食欲不振。具体内容如下：
如果有这个症状，可以进行按摩，通过顺时针方向的推拿，可以促进肠胃的运动，有助于消化。同时要注意保护孩子的身体，避免感冒，可以多喝粥、蛋黄粥、蔬菜粥等，避免食用辛辣刺激的水果，避免引起肠胃不适。避免食用过热食物，过热类的食物会刺激溃疡面，导致疼痛感加剧，严重情况下使得溃疡面发生血管扩张，引发出血。避免食用辛辣类食物，该类食物会刺激溃疡面，增加胃酸分泌。
宝宝出现细菌性肠炎多数情况是饮食不卫生引起的，宝宝的年龄比较小，吃东西不合适或者说吃玩具、啃衣服、啃手，都有可能导致细菌进到肚子里去，出现细菌性肠炎，有必要使用消炎药控制感染。
三个月的宝宝出现消化不良的情况，可以通过以下方法缓解：
1、按摩腹部。可以顺时针按揉上腹部，使其具有一定的穿透性，有利于肠道的蠕动影响。可以通过滴眼液。
2、服用药物。可以通过口服干草二联杆菌等的益生菌来调理肠道菌群，帮助消化吸收食物。
3、更换奶粉。婴幼儿使用的奶粉中含有大量的油脂，很有可能会导致消化不良，可以通过更换配方来缓。
