卵巢囊肿术后恢复时间与年龄、体质、囊肿严重程度等有关，囊肿手术属于破坏性手术，为完全切除，一般恢复相对较快。一般7天可出院。卵巢囊肿术后需进行适度活动，避免粘连。卵巢囊肿可进行腹腔镜微创手术，术后应用防止粘连的药物，利于术后康复。此外需注意补充营养，充分休息，勿食生冷食物，保持良好心情，定期复查。
卵巢囊肿是会引起腰痛的，治疗卵巢囊肿中医中药长期临床实践积累了很多非常独特的治疗方法，采用纯中药配合治疗，见效快，疗效确切，可以快速康复。这些传统中药配合使用可以彻底清除湿热邪气，消散郁结，补气养血，从而达到气血双盛，标本兼治，达到快速治卵巢囊肿的目的。
卵巢囊肿如果疼会有小腹隐痛或者是坠痛，一般部位在卵巢囊肿的一侧，有的囊肿是生理性的，一般来过月经就会自动消失，并不是所有的卵巢囊肿都有感觉，不痛也很正常，早发现早治疗。
怀孕前卵巢囊肿可能是由于体内激素的刺激，导致卵巢囊肿增大，但是怀孕初期不会出现卵巢囊肿疼痛。
怀孕初期受体内激素的刺激，只会使囊肿增大，而不会引起囊肿的破裂和扭转。如果是卵巢巧克力囊肿，怀孕后卵巢巧克力囊肿会慢慢萎缩，所以卵巢巧克力囊肿不会引起疼痛，反而会随着孕周的增加而逐渐萎缩变小，甚至有可能是怀孕后自愈。
通常情况下，卵巢囊肿出现疼痛症状可能与囊肿大小和性质有关系。如果患者患有的囊肿体积小，直径在3cm以内，通常是没有疼痛感的。但是如果囊肿持续增大，直径超过5cm，就有可能会出现疼痛感的。而且用手按压的时候，腹部可能会有压痛、反跳痛等症状。如果是生理性的黄体囊肿或者滤泡囊肿，一般会跟随月经来潮自行消失，没有疼痛感。而病理性的巧克力囊肿，可能会出现进行性加重的痛经。