一般来说，患有卵巢囊肿要做肿瘤标志物检查，主要是因为卵巢囊肿大部分属于妇科良性肿瘤，但是还要排除有恶性程度的可能性，所以通常最好做肿瘤标志物的化验检查。此外，如果患者是卵巢囊肿，同时伴有痛经的症状，通过肿瘤标志物检查，如果检查发现CA125出现轻度升高，就高度怀疑是否由于子宫内膜异位症引起的囊肿，通常可为临床上下一步的治疗提供可靠依据。
怀孕有卵巢囊肿可能是正常的。
卵巢囊肿是卵巢表面或内部出现的含有液态或固态物质的囊状结构。如孕前查无卵巢囊肿，妊娠后出现卵巢囊肿属正常现象，认为是黄体囊肿。怀孕妇女尤其早孕，卵巢可出现生理性黄体囊肿，主要保持妇女怀孕，分泌雌激素、孕激素。黄体囊肿也可以发生在输卵管或者子宫中，而不只是局限于阴道或宫颈。通常妊娠3个月后，卵巢中胎盘组织可代替卵巢中黄体囊肿。
通常情况下，有卵巢囊肿的患者肿瘤标志物正常，说明患者患有的可能是良性的卵巢囊肿或生理性卵巢囊肿。生理性卵巢囊肿主要是由于月经周期内女性体内雌激素和孕激素水平发生周期性变化引起的；而良性卵巢囊肿的形成与遗传因素有关，是部分卵巢组织发生了基因突变，出现了不正常的增生所形成的。并且囊内液体一般可分为黏液性和浆液性两种，主要是由于囊壁细胞分泌了不同的物质所致。
怀孕三个月后，检查显示卵巢一侧有一个囊肿，所以可以密切观察和跟踪孕期最困难的病例。在这种，怀孕期间没有治疗。分娩时选择剖宫产，同时摘除卵巢囊肿。还需要提醒的是，怀孕期间，应注意卵巢囊肿的扭转和破裂。一旦出现急性腹痛，就应该考虑卵巢囊肿的问题。
胎儿卵巢囊肿属于一种病症，其病因至今尚未确定，至今还在进行中。有人主张该种疾病是由母体和胎儿两方面产生的促性腺激素作用所致，其治疗原则是以观测为基础。
如果不是特别的原因，可以选择做引产。一般都是正常的，不会对孩子今后的学习和生活造成一定的负面影响。确诊之后，需要考虑胎儿的状况，以及有没有严重的内脏异常等因素，然后再考虑是不是要怀孕。
卵巢囊肿是良性肿瘤。
卵巢囊肿是常见妇科疾病的一种。卵巢囊肿在病理情况下可以分为良性恶性和交界性，所以卵巢囊肿不一定都是良性肿瘤，但是大部分卵巢囊肿是良性的，而且体积较小，不会产生压迫症状。也有一部分良性卵巢囊肿体积较大，会对子宫膀胱肠道产生压迫症状，如可出现腹痛腹胀，尿频尿急尿痛等症状，也有可能产生卵巢囊肿蒂扭转从而导致剧烈腹痛。