口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
如果特别疼痛，可以局部外用一些止痛的药物。还有一种较重的口腔溃疡叫做腺周口疮，是一种较大而深的口腔溃疡，愈后可能会留有瘢痕，相对而言，这种口腔溃疡也有一定的自限性，大概在1个月左右就会有明显的好转。临床上需要注意的是1个月以上，而病变范围逐渐增大的溃疡，可能会有癌变的风险，必要时可以做局部活检来明确诊断。
孕期口腔溃疡需要通过局部治疗、日常护理等方式来治疗。
怀孕期间有口腔溃疡需要进行局部的治疗，同时需要在口腔科或者妇科专家的帮助下进行局部的用药，避免自行服用，导致自身和胎儿都出现异常。可以用生理盐水，不会造成任何的伤害，可以用来漱口，可以购买0.9%的生理盐水涂抹在口腔的创面，也可以用95%的乙醇来治疗，不过要在医师的指导下进行。
平时要吃蔬菜水果补充维生素，提高免疫力，可有效的减少口腔溃疡的发生。反复发生了口腔溃疡，可以适当的应用激素类药物进行治疗，平时不要吃辛辣刺激的食物。口腔溃疡的发生主要是与免疫力低下，维生素缺乏感染有关。
口腔溃疡属于一种病因不明的疾病，临床口腔溃疡由于病因不明，治疗的方案就是对症治疗。口腔溃疡临床治疗没有什么特效的疗效，一般七天左右可以自愈。补充维生素对口腔溃疡愈合有很大的帮助。
可以服用消炎去火的药物治疗，口腔溃疡是一种以周期性反复发作为特点的口腔粘膜局限性溃疡损害，可以自己好，可发生于口腔粘膜的任何部位，以唇、颊、舌部多见，严重者可以波及咽部粘膜。