睾丸萎缩可能会影响性功能，因为睾丸的间质细胞会分泌雄激素，当出现各种原因所导致的睾丸萎缩时可能会影响雄激素的分泌，会造成患者雄激素不足而表现为性欲下降或者性功能下降等。
先天性睾丸发育不良是影响生育的，但是要具体的看到底是怎么样的发育不良。但如果一个睾丸的体积小于12立方厘米，即表示该睾丸发育不良或萎缩。在这种睾丸内，受影响较大的是生精细胞，因此在精液中找不到精子，说明没有生育能力；不过性功能可存在。如果睾丸小到6立方厘米以下，说明睾丸中控制性激素分泌的间质细胞也受到影响。在医生的指导下考虑中西医结合治疗。一定要及时到正规医院接受治疗，以免给日后的生活带来困扰。
可以通过手术的方法进行缓解，一般手术之后都会在短时间调整身体，多因肾气亏乏，或病邪损伤引起。先天性睾丸发育不佳者不易治好，继发性睾丸萎缩者亦需耐心调治，中医辨证论治有的时候能取得一定效果。
睾丸对男性的精子的质量还是非常重要的，如果睾丸发育不良的话是会影响生育的，可以去医院进行治疗，然后根据医生的医嘱进行治疗，不要自己私自的乱用药物。同时也要多加注意自己的饮食和卫生。饮食方面不能吃辛辣生冷的东西。
引起病理性睾丸变小的原因很多，最常见的有慢性消耗性疾病、内分泌障碍(甲状腺、脑垂体机能减退)、持续高热、服用大量雌性激素、病毒性睾丸炎(如腮腺炎并发睾丸炎)、睾丸梅毒等。这些病症均可使睾丸萎缩，以致于体积小于正常。病理性的睾丸萎缩变小，通常是因曲细精管的精原细胞或精母细胞容易受累，当这些细胞发生萎缩，不能生长精子，或受到损害不能产生正常的精子时，就表现为睾丸萎缩体积变小。往往伴有不育症。
由于输精管堵塞造成的无精症，可以做吻合手术治疗。先天附睾或者是输精管缺失，可以通过试管婴儿的方式治疗。男性性腺激素分泌不足导致的无精症，可以注射HCG，有助于睾丸发育，帮助产生精子，从而治疗无精症。精囊梗阻导致的无精症，可以做精囊镜手术治疗。