一般来说，停经40天b超看不到孕囊的主要原因是以下这些：
1、月经不正常、受孕晚，有的女人月经不规律，一般要40多天才来一次，这个时候，即使检测出来了，受孕的时间也比较晚，在子宫里见到孕囊的时间也比较晚。
2、可能是因为子宫外孕，也可能是因为妇科的炎症，比如输卵管炎。B超检查没有发现孕囊，有阴道出血、腹痛等症状患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
一般怀孕35天以后，通过超声波检查可以发现胎儿的胎囊和心脏的变化。
受精卵着床较迟，可以通过超声波来观察孕囊，42天内没有发现孕囊，一周后复查还是没有发现，要怀疑是宫外孕，宫外孕最容易发生在输卵管的壶腹部。宫外孕的胎囊是可以通过超声波检查发现的。建议及时进行检查，以免对身体造成损害，严重情况下还会危及生命。
停经40天的时候经过B超检查仍然看不到妊娠囊，但是血HCG阳性的情况下，要排除宫外孕的可能性。隔一天再抽血检查一次，了解血HCG是否在原来的基础上出现翻倍上升。如果没有翻倍上升，只是上升一点点则高度怀疑宫外孕。
由于怀孕前两个月的时候，孕囊较小，因此，很可能B超上是看不见的。也会有宫外孕的情况，但概率很小。通常情况下，妊娠4-5周时超声检查可见到孕囊的位置，结合血中HCG的含量，可判断是否为宫内孕或宫外孕。若经腹超声观察不到，可能需要改为经阴道超声。
正在准备怀孕的妇女，如无阴道出血、腹痛及其他症状还应于停经后约50天时去医院就诊，必须在医生的意见下进行B超检查，清楚是否为宫内妊娠或宫外孕。
如果平时月经周期是规律的30天一次月经，停经40天的时候经过B超检查仍然看不到妊娠囊，但是血HCG阳性的情况下，临床上一定要排除宫外孕的可能性。隔一天再抽血检查一次，了解血HCG是否在原来的基础上出现翻倍上升。
通常情况下，停经40天看不到可能是检测过早。宫外孕导致的。具体情况分析如下：
在怀孕早期，孕囊可能还没有发育，但也有可能是因为宫外孕早期，并没有发现孕囊。建议女性在一周后到妇产科做盆腔超声，确定孕囊的发育，同时还可以去医院做HCG和血孕酮检查，看看有没有孕激素不足，如果孕激素下降，可以在医生的指导下口服黄体酮类的药物来改善。