卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
左囊卵巢囊肿不严重，左侧卵巢囊肿治疗之前，首先一定要先确定是良性还是恶性，手术就是治疗卵巢囊肿的办法。如果确定是良性，囊肿又很小的话，可以先观察，可以不做治疗。
卵巢囊肿一般为慢性附件炎的一种临床表现，根据囊肿的大小采取的治疗方式也不同，一般3厘米以下的囊肿通常考虑属于生理性的，一般是可以自行吸收的，通常是无需治疗的，否则大于3厘米以上的囊肿需要手术或者药物治疗的。如果囊肿大于5厘米以上需要手术治疗，一般进行积极治疗是可以治疗的。
卵巢囊肿如果是生理性并且囊肿在5厘米以下不算严重，如果发现囊肿大于6厘米，并且有逐渐增大的现象，就建议及早住院进行手术治疗了。卵巢囊肿是不会有生命危险的。
卵巢囊肿是可以通过手术取出囊肿的。平时要多注意情绪的调节，保持心情舒畅，多休息，多吃些清淡的，少吃辛辣刺，激性过大的食物，多吃水果，多喝点热水。具体需要遵训医嘱。