这种病变通过保守治疗方法很难整体去除掉，也就是说没有确切的保守治疗方法能让骶管囊肿消失。具体而言，保守治疗其实主要是针对病人出现一些比较轻微的症状，用一些对症的药物，比如止痛的药物或者其它的药物进行治疗。除此之外，没有其它更为有效的保守治疗方法，而通过这些药物治疗，也不太可能让骶管囊肿自行消失。
骶管囊肿如果没有什么特殊症状以观察为主。如果骶管囊肿出现明显的症状，比如下肢和会阴部的感觉疼痛、麻木、大小便失禁，则需要相应的治疗措施。口服营养神经类药物和止疼类的药物对症处理。如果仍然没有明显疗效，则需要通过手术方式进行治疗。
对于骶管囊肿采取局部穿刺抽吸，注射生物蛋白胶的方法。在半年之后都会有不同程度的症状复发和囊肿复发。近年来，在经验丰富的神经外科，由经验丰富的医生进行处理，采取显微镜下囊肿切除，囊颈结扎或者采取囊肿大部分切除神经袖套重建。
一般来说，骶管囊肿需要通过手术去除，具体如下：
骶管囊肿属于硬脊膜囊肿，起源于脊髓被膜，通常可能会出现下腰部疼痛、骶尾部疼痛、会阴部疼痛等症状。一般骶管囊肿如果对身体没有造成影响，通常是不需要进行特殊处理的。但如果出现了疼痛的症状，则需要进行手术治疗。
在进行手术后，患者应多卧床休息，经常翻身，预防褥疮，注意饮食清淡，保证营养充足。
比较彻底的治疗办法，就是通过手术的办法进行治疗，其他的药物治疗，都不能很好的治疗本症。其手术的方式有传统的手术和微创手术之分，当前医学上用的比较多的还是微创手术。