肛瘘一般自己不会好，要进行手术治疗。急性炎症期或慢性复杂性肛瘘，可伴有全身症状，如发热、贫血、消瘦和食欲不振等。肛瘘的治疗以手术为主。肛瘘一旦形成就没有自愈可能，具体多长时间好主要还与肛瘘轻重有关。
复杂性肛瘘口久不愈，可引起肛门直肠周围形成大的纤维化瘢痕或环状的条索，影响肛门的舒张和闭合，大便时感到困难，有便意不尽的感觉。由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。
肛瘘不会自愈，必须手术进行。如果是复杂性的需要分步解决，一步到位有可能造成“后遗症”，需要再次到正规医院肛肠科做进一步检查和手术处理，平时注意少吃辛辣刺激性的食物，还要注意局部卫生。
肛瘘不好的症状有局部流脓，湿痒及疼痛。初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。肛漏的治疗以手术为主，药物为辅。食应粗细搭配，少饮浓茶、咖啡、酒类及少进辛辣食物，以减少对肛管的刺激。
效果好，如果有些高位肛瘘只能通过手术治疗，主要目的是保护肛门括约肌的功能，或者注意术后及时换药。应注意保持创面清洁，饮食中多吃新鲜蔬菜和水果，养成定时排便的习惯，避免坐太久，尽量少吃辛辣刺激的食物，防止肛瘘复发。