肛周囊肿绝大部分肛管直肠周围脓肿可获得治好。也有一些存在反复发作可能，平时保持肛门周围清洁，尽量少坐多站，避免便秘，排便要有规律。饮食上应以清淡并含较多纤维素的食物为宜，食用有清热解毒的食品，能缓解肛门局部肿痛、渗出等症状。
肛门脓肿破溃后叫肛瘘，需要手术治疗。治疗时期以18岁以后。手术之前清洗肛门为主，不要太担心。因为没经验的医生手术后可能会引起肛门失禁。这种疾病药物治疗效果不好，手术治疗比较彻底，选择肛肠专科，专业医生进行肛门脓肿或肛瘘治疗。
对于肛周脓肿的治疗，肛周脓肿怎么治疗，首先，要想治疗肛周脓肿，应在肛周脓肿形成早期切开。减低局部张力，以阻断其扩散和向四周的蔓延；在脓肿清创时，应切除病变的肛隐窝，在脓肿切口位置选择准确后。利用HCPT技术进行治疗，它具有不开刀、微痛苦、不住院等优点，对愈治疗初期肛周囊肿有一定的治疗效果。
肛周囊肿的大小还有深浅范围不一样，恢复的时间也就不一样，大部分需要在三到四周才能基本愈合，如果伤口很大，可能恢复的就比较慢。脓肿将来大部分会转化为肛瘘需再次手术治疗。所以要注意休息。
肛周脓肿在正规的医院，通过积极治疗可以治好。病人的病程及炎症程度不一样，治疗方法不一样。肛周脓肿早期大部分采取保守治疗，包括口服药物、局部用药等，一旦脓肿形成后需要手术治疗。
肛周出现囊肿，如果囊肿不是很大，没有异常的不适症状，可以暂时观察情况。但要注意保持卫生，注意清洁防止复发。如果很严重会出现感染流脓，肛门疼痛，就需要手术治疗，否则会影响病人的正常生活的。