肛周囊肿便前便后坐浴熏蒸，平时要注意局部的卫生，每天早上起来的时候喝一杯温盐水或凉白开水，这样可以使食物更快地消化掉。不要长时间坐着，多做一些运动。每天都要大便，但是时间要短。勤换内裤。
肛周脓肿在中医上叫做肛痈。首先可以采用内治法，根据它发病条件不同，分为三个证型，如果是火毒蕴结型，可以清热解毒，使用仙方活命饮和黄连解毒汤加减。如果是热毒炽盛型，治疗上应该清热解毒透脓，可以使用透脓散加减。如果是阴虚毒恋型，治疗上应该养阴清热解毒，使用青蒿鳖甲汤合加减。
中医治疗不好，还是需要西医治疗。发生肛中脓肿，需要做切开引流的，因为脓肿属于局部的感染，单纯的中医保守治疗没有什么效果，只会耽误疾病的发展。越早期手术治疗越好。
旦发生肛中脓肿，也需要做切开引流的，因为脓肿属于局部的感染，单纯的中医保守治疗没有什么效果，只会耽误疾病的发展。发生于肛周的表皮样囊肿存在破裂、继发感染的可能，无论有无临床症状，均手术治疗，且强调肿块切除的完整性以降低复发率。
表浅脓肿可选择口服光谱抗生素，对范围相对大的脓肿需联合用药。早期通过积极的手术治疗，绝大部分肛管直肠周围脓肿可获得理想的效果。高位脓肿病情复杂，存在反复发作可能。极少数因感染过重，可造成死亡。