两病均与人体免疫功能紊乱有关。甲亢患者往往存在着自身免疫性甲状腺病，而自身免疫调节失调又可能导致其他多种疾病发生。甲亢伴重症肌无力，临床多见，二者并发，本病无一个特定病名，通常应分别诊治。
重症肌无力属内分泌系统中一种较为特殊的疾病，主要是因为自身免疫性疾病所导致。重症肌无力是神经内科中的一种典型病症，由于机体的免疫功能紊乱，产生异常抗体，影响突触后膜上乙酰胆碱的受体，从而阻碍神经冲动传递。另外一种情况就是由于自身免疫系统失调导致全身感染，出现全身性炎症反应综合征，这种时候就容易发生多器官衰竭。治疗上一般给予病人糖皮质激素、免疫抑制剂及其他治疗，预后尚可。还有部分病人并发胸腺瘤，手术干预是必要的。
还有一些患者患有自身免疫性肝炎，这类病症会造成肝纤维化，最终发展成肝硬化，对人体健康造成危害。甲亢的发生还由于免疫功能紊乱，产生异常抗体所致，致使甲状腺受到损害而发生病变。
重症肌无力是一种由神经-肌肉接头处传递功能障碍所引起的自身免疫性疾病，临床主要表现为部分或全身骨骼肌无力和易疲劳，活动后症状加重，经休息后症状减轻。本病主要表现为眼皮下垂、视力模糊、复视、斜视、苦笑容等。应该积极的治疗。
眼肌型重症肌无力是成年型重症肌无力的一种类型，又称为单纯眼肌型重症肌无力。依据骨骼肌受累的范围和病情的严重程度，临床上可以分为五个类型，1型，即单纯眼肌型，表现为上睑下垂和复视。2型，病情进展缓慢而且较轻，无危象出现。3型，该病发病急，首次症状出现数周内发展至延髓肌，躯干肌和呼吸肌严重无力，常伴有重症肌无力危象。4型，肌晚发全身性肌无力，由1型，2型发展而来。5型，较早伴有明显的肌萎缩表现。
甲亢伴重症肌无力的诊断依据是，具体分析如下：
1、患有甲亢主要临床表现为，怕热出汗、多肌善食、体重下降、头昏手颤、心慌急躁等。多数患者都患有不同程度甲状腺肿大、突眼等。
2、具有重症肌无力典型临床表现、劳累后加重、休息后缓解的特征。
3、摄I131率及T3,T4值均较正常值为高。
4、乙酰胆碱受体抗体滴度升高。
5、肌电图以渐减波为主，即初为电位正常值，后波幅或频率逐渐降低。
重症肌无力是神经肌肉接头处神经递质出现了传导障碍引起的一种病变。主要表现就是全身性的肌肉或者是局部的肌肉出现容易疲劳，尤其是活动后加重。早晨起床的时候症状比较轻，当晚的时候症状比较重。