卵巢生理性囊肿是不用治疗的，因为主要是排卵之后形成的黄体，那么黄体没有正常的萎缩又由于黄体内部压力的关系，有少量的出血就会相对增大，表现为囊肿，这种囊肿的直径不会大于五公分，而且不会引起任何症状，在月经干净以后，会明显缩小，直到消失，所以不用药物治疗，也不用给予特殊处理。
一般情况下，生理性卵巢囊肿可以采用以下方式来去除：
患有生理性卵巢囊肿，没有出现明显的不适症状，可以暂时不治疗，进行临床观察。生理性囊肿一般会自己消失。患有生理性卵巢囊肿，如果囊肿很大，有腹胀、腹部疼痛等症状，可以进行穿刺。生理性卵巢囊肿如果在短期内增加的幅度很大，可以进行手术来切除。患者可以根据自身的实际情况，选择适合自己的治疗方式。
一般情况下，生理性的卵巢囊肿是由于女性在月经周期中出现了卵泡的发育过度，或是由于黄体的生长太大而导致的，具体分析如下：
正常来说，这个生理上的囊肿在一星期内就会自行消退。女性来月经后要做常规检查，一般不需要做特别的治疗。而病理性囊肿在经期过后会一直存在，不会自行消退。女性经期过后做B超检查，可以明确诊断为生理性卵巢囊肿。
生理性卵巢囊肿可能会有腹部肿物、小腹疼痛、月经失常等症状及表现，有些患者可能还会出现压迫症状。
1、腹部肿物：患者按腹部可以发现腹内肿物、腹胀不适，或在妇科检查时发现附件肿块。
2、小腹疼痛：卵巢囊肿患者感觉腹痛，尤其忽然发生者，多系囊肿蒂发生扭转，偶或为囊肿破裂、出血或感染所致。
3、月经失常：一侧卵巢甚至双侧卵巢囊肿，由于并不破坏所有的正常卵巢组织，故多半不引起月经失常。而月经失常患者常伴有卵巢生理性囊肿，如卵泡囊肿等，部分患者会因卵巢囊肿影响卵巢的内分泌功能而出现绝经后出血的现象。
4、压迫症状：如膀胱受压，可引起尿频、尿急、排尿困难或尿潴留；如压迫消化道，可引起上腹不适、食欲减退、下坠感或排便困难。
较多见的生理性卵巢囊肿是月经周期中正常的卵泡持续生长，这种囊肿通常不会引发健康问题，也很少导致身体疼痛不适，一般在2~3个月经周期会自行消失，不需要进行治疗。如果反复出现生理性卵巢囊肿，女性患者就要及时去医院做性激素六项检查，同时也要改善自己的生活方式，改善饮食习惯，避免吃辛辣刺激性食物，避免吃富含激素的食物。
生理性卵巢囊肿可能会疼，也可能不会疼。生理性的卵巢囊肿位于卵巢表面，在剧烈活动之后，剧烈房事后或者做过某些医疗操作之后，可能会发生囊肿的破裂或囊肿蒂扭转，这时候会出现剧烈的下腹疼痛，这属于一种急腹症，患者需要及时到急诊进行治疗。生理性囊肿在不发生破裂和蒂扭转的时候，患者一般没有明显的自觉症状，是不会出现疼痛的。