可能是发生了呼吸系统的感染，呼吸道会分泌大量的炎性分泌物。经过一夜的睡眠，呼吸道内会堆积大量的炎性分泌物也就是痰液，早上起来为了排除痰液，就会出现剧烈的咳嗽。
通常来说，原因，具体分析如下：
如果小孩咳嗽厉害，可能是因为感冒，可以口服一些儿童止咳化痰颗粒、橙红色的颗粒。如果小孩出现咳嗽、粘稠、咳嗽等症状，建议家长到正规的医院进行听诊，查看肺部有没有干湿罗音，也可以拍个胸部X光，用点滴进行消炎处理。另一种是要注意儿童发生气喘的症状，建议及时去医院做个全面的诊断。
在日常生活中，家长应该加强孩子的营养摄入，营造良好的睡眠环境，适当进行户外活动，有助于健康的生长、发育。
宝宝每天早上起来咳嗽，晚上不怎么咳嗽，首先要把屋子的温度降低一些，保持室内的湿度在50%-60%。睡觉前再喝点温水，咳嗽就不会再发生。假如早起咳嗽特别剧烈，一定要上医院检查是否有咽炎、气管炎。
房间里的温度太高，湿度不够。一些孩子用嘴呼吸，喉咙极度干燥，起床后咳嗽几次。降低房子的温度，在暖气上面放一条大湿毛巾，保持湿度，睡觉前喝些温水。咳嗽不会再发生了。如果你起得很早，咳嗽特别严重，你必须去医院看医生，检查是否有咽炎和气管炎。
小儿咳嗽厉害可能是呼吸道感染引起的。
炎症的刺激会使呼吸道内的分泌物增加，从而引发儿童的咳嗽。建议在宝宝服用易坦静、儿童咳嗽糖浆等化痰止咳类的药物，也可以通过喷雾吸收来改善。如有细菌感染，可用头孢、阿莫西林等抗菌药物进行治疗。阿奇霉素和红霉素都是由支原体感染造成的。还要保证房间里的温度比较高，尽量给宝宝多饮水。
晚上咳嗽厉害可能是哮喘或肺炎早期的症状。也可能是由于天气比较干燥所出现的咳嗽。晚上睡觉时咳嗽可能是室内湿度不足，过于干燥，容易刺激呼吸道产生咳嗽。必要时使用加湿器增加室内湿度并减少对呼吸道的刺激，从而减少夜间咳嗽；反流性食管炎：在睡眠状态下，胃肠道反流进入呼吸道并产生咳嗽，可到消化科进一步诊断。如果有反流性食管炎，需要肠胃科医师判断，必要时进一步治疗。