功能性消化不良可通过药物治疗、日常调理的方式进行处理。
进食的食物超过胃肠道的消化吸收能力可能会引起功能性消化不良，建议患者在医生的指导下服用补充消化酶和调节肠道菌群的药物。此外，日常生活中，患者要注意饮食健康，戒烟戒酒，以清淡和易消化的食物为主，忌辛辣刺激及油炸的食物，多吃新鲜的水果和蔬菜，少食多餐，不要暴饮暴食，保持心情舒畅，适当运动，比如慢跑、游泳等，有利于身体健康。
功能性消化不良的康复期要看个人的情况，一般在一个月之内。
一般轻度的功能性消化不良，会有上腹的胀气、胃口减退等症状，需要及时的进行治疗，一般一个星期左右就会有所改善。不过，如果是重度的功能性消化不良，有可能会有喷射性呕吐等症状，需要很久的治疗，一般需要一个多月的时间。建议患者根据自身情况前往医院就诊治疗。
一般情况下，功能性消化不良指的是出现上腹痛、腹胀、嗳气、食欲不振、早饱、恶心、呕吐等症状。如果患有功能性消化不良，患者可以口服复方消化酶、乳酶生、复方阿嗪米特、保和丸、枳术丸等辅助消化的药物进行治疗，有较好的治疗效果，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。患者平时还应注意饮食习惯，避免吃过于辛辣生冷的食物，因保持清淡饮食。
一般情况下，在消化科，功能性消化障碍是一种很普遍的病症，约有50%左右的患者会出现在医院。患者会出现各种症状，有人会出现腹部肿胀，也有人会出现打嗝、嗳气等症状，也有人会出现上腹部疼痛等症状。有些病人，会感觉到肚子里的不适，却又说不上来。功能性的消化障碍一般都是以上腹部胀满、饱胀感、早饱感为主，也就是说，只要稍微进食一下，肚子就会被撑的感觉。还有嗳气，也会有恶心、呕吐等症状，这些都是因为各种原因引起的，建议患者及时去医院就诊，查明病因后对症治疗。
功能性消化不良是指不能以器质性疾病解释而见有持续性或反复发作性上腹部疼痛和食后饱胀、腹部胀气、嗳气、早饱、恶心等上腹部不适症状的一组临床症候群。一般会有溃疡型的功能性消化不良与胃肠型的功能性消化不良，前者比较常见，这种患者常常会出现上腹部的疼痛现象，当然，有的患者也会出现持续性的部位疼痛感觉，而且溃疡性消化不良常常会让患者在饥饿的时候疼痛现象明显加剧，后者常常不会出现明显的疼痛感觉，主要是让患者在吃完饭以后有饱胀感。
常见的判断症状有：1、早饱，指进食后不久就有饱腹感，导致摄入食物明显减少。2、上腹胀，多发生于餐后，或呈持续性进餐后加重。3、一些患者同时伴有失眠、焦虑、抑郁、头痛、注意力不集中等精神症状。在病程中症状也可发生变化，起病多缓慢，经年累月，持续性或反复发作，不少患者有饮食，精神等诱发因素。可以在医生指导下服用药物进行调理。比如四磨汤口服液，此药有顺气降逆，消积止痛的功效，有利于改善功能性消化不良。
儿童功能性消化不良可以在医生的指导下服用药物，也可以进行针灸治疗。
儿童功能性消化不良会使身体出现腹部疼痛、餐后饱胀感，并伴有恶心、呕吐等症状，可以在医生的指导下服用促进消化的药物，例如健胃消食口服液、胃蛋白酶合剂，如果症状不见好转，还可以用针灸辅助治疗。
饮食上不要吃高糖、高脂肪的食物，例如炸鸡，可能会加重肠胃的负担。
