普通肠镜的腹痛程度主要和内镜医师的操作水平，肠道病变的情况以及被检查者的耐受度有很大的关系。大部分情况下肠镜引起的腹痛症状均是在可以耐受的范围内，但是对于过度紧张、肠道走行迂曲、炎症性病变明显、肠道准备不充分的人群，进行肠道检查时有可能疼痛较为明显。当然如果内镜医师经验尚浅，操作不规范、进镜过快、注水注气过多也可以造成明显的腹痛。有时腹痛剧烈，难以忍受。
普通的肠镜检查一般有一些疼痛的，在做肠镜检查之前，需要做好肠道的准备，需要进行清洗肠道，排至清水便的时候才可以，以免影响检查的效果。在检查需要放松心情，深呼吸，不用过于紧张。
两者各有优缺点。应该看自身具体情况去选择。普通肠镜的话，一是价钱比较便宜，而且预约时间比较短，再就是操作过程中如果有不舒服的情况可以及时告知，减少肠穿孔的风险。缺点就是有些人不能耐受，会中途停止操作。无痛肠镜优点是检查痛苦比较少，完成度高，但是如果有心血管疾病基础的病人会存在麻醉的风险，如呼吸抑制、心律失常，还会增加肠穿孔的风险。
普通的肠镜和无痛的肠镜其实在手法及设备上都是差不多一样的。只是无痛肠镜在做之前需要全麻，全麻后不会有他痛苦的感觉，可以减少一些检查时的不适与风险。无痛肠镜的检查能降低应激反应，从而消除恐惧感和不适感，使内镜检查与治疗操作得以顺利进行，整个检查过程病患呈清醒状态，能进行语言交流和配合检查。
无痛肠镜比较好。
无痛肠镜和普通肠镜的操作方法一样，均需要行肠道准备，经肛门插管进镜，一边充气一边循腔进镜，一直到达回盲部，再退镜观察整个大肠的情况。无痛肠镜就是在全麻的条件下行的普通肠镜检查，无痛感，如果受检查者因为恐惧的心理没法接受普通的肠镜检查，可以选择做无痛的肠镜检查，但是无痛肠镜需要打麻醉，所以可能会存在一定的麻醉风险以及麻药的副作用，医生一般建议做无痛的肠镜检查。
建议去肠胃科做检查，根据检查结果来判断适应哪种方法。日常生活中需要注意肠胃的保护，改善饮食习惯，有利于肠胃的吸收。
结肠镜检查后，一般在饮食上没有特殊要求，可以在检查后两小时喝水，或者是进全流食。如果没有不适，就可以过渡到正常饮食，不要喝酒，不要吃辛辣的食物，不要吃高脂肪饮食。