一般来说，打乙脑疫苗后发烧39度的原因如下：
疫苗的副作用可能会导致患者出现打乙脑疫苗后发烧39度的情况。正常情况下，发烧症状的时间不会持续太久，基本会在3天内缓解。口服布洛芬混悬液，多喝温水以及温水擦拭身体的物理降温方式都可以有效改善症状。
日常生活中，患者应注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，不要有太大的精神压力，还要注意个人饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，有利于身体恢复。
打完疫苗后发烧是打针后的一些反应。自己要多注意，喝水，超过38度五的话就要喝退烧药了，没有超过就物理降温，还可以给它洗个温水澡，发烧期间还要给他多喝水。一直反反复复发烧就赶紧看一下医生。
一般情况下，儿宝宝打完甲肝疫苗后发烧，这是一种很普遍的症状。
甲型肝炎疫苗是一种减毒的活病毒疫苗，一般会出现低热甚至中等程度的发烧，也有一些孩子会出现类似于流感的症状。这种发烧通常是在疫苗注射后24-48小时内出现的，一般会在2-3天左右，大多数情况下会自动消失，如果不能自行消失，可以服用一些退热药或者是儿童感冒冲剂。服用药物后不能改善时，建议到正规的医疗机构进行进一步的治疗。
孩子打疫苗后发烧，有些孩子打完疫苗后会出现发烧那是因为疫苗本身也是一种抗原，它要刺激机体产生免疫防疫产生抗体，机体获得了抗体也就是抗病毒的物质也就是有了免疫力。孩子在产生抗体的过程中会出现一些反应比如低热是正常的，一般不会有其他症状，而且发热一般不超过38.5，两天就自然消退了。
接种甲肝疫苗一周后如果出现发热，要看是不是甲肝疫苗的副作用，或者是其他疾病引起的发热。
通常，接种了甲肝疫苗后，如果有不良反应引起的发热，那么大多数人在接种了甲肝疫苗后72小时之内，一周之内就会出现这种情况。因此也有可能是与感冒、其它病毒、细菌感染、自身免疫有关的疾病有关。首先要找出原因，才能进行针对性的治疗。如果积极治疗的话，一般情况下是可以稳定的。
注射疫苗之后出现发热症状的话，不排除是由于受凉等原因导致的情况，也有可能是由于疫苗作用引起的，如果条件允许，及时去医院检查血常规，观察具体情况，观察孩子是否有其他症状。需要检查血常规和咽部的人工检查看看，如果是病毒性感冒，可以用药物治疗的，注意多喝水。