常见的临床症状有寒战、发热、尿频、尿急、尿痛及排尿困难，甚至发生急性尿潴留。直肠指检可扪及前列腺有多发或单发硬性结节。近期发生急性尿路感染，继而下尿路梗阻，同时前列腺迅速增大、变硬，出现硬结，血PSA可能升高，B超发现前列腺内低回声结节或前列腺增大、密度不均，应考虑到肉芽肿性前列腺炎的可能。
肉芽肿性前列腺炎有急性和慢性之分，急性发病突然，有寒战和高热，尿频尿急，尿痛，会阴部坠胀感，可发生排尿困难或急性尿潴留。慢性有排尿改变，尿不净，尿等待，有时分叉，性生活时有尿急感，排尿后和便后常有白色分泌物排出，俗称滴白，性功能减退，如阳痿，早泄等。
肉芽肿性前列腺炎最主要的症状就是排尿疼痛。排尿时尿道或伴耻骨上区、会阴部位疼痛。其疼痛程度有轻有重，常呈烧灼样，重者痛如刀割，有的病人还会出现排尿时伴有尿道烧灼感。
有严重的下尿路感染症状，发热、寒战、尿频、尿道烧灼感、尿痛，偶见血尿、会阴痛、耻骨上不适，甚至发生急性尿潴留。部分有前列腺创伤史或过敏性疾病史。直肠指检可扪及前列腺有多发或单发硬性结节。
肉芽肿性前列腺炎细胞大可聚集成片状，具有透明或淡红染色胞浆，小的泡状细胞核，很像前列腺癌，但实际为巨噬细胞。另一类细胞则呈多形性，细胞核固缩，呈空泡状，体积小，成排或成簇排列，有时可见一些腺泡。肉芽肿性前列腺炎肿块一般发展较快，结节较大，有弹性，不规则，软硬不一致。
比较常见的症状为发热、寒战，或者是尿路刺激症状，还有就是下尿路梗阻、和急性尿潴留也较常见，血尿较少见，个别病人表现为感冒的症状，也有无症状而在体检时被偶然发现。