病毒疣一般指疣，一般是通过外用药物和物理疗法来进行治疗。
外用药一般是针对大面积的皮疹或者是难以进行物理治疗的，具体的用药和方法也会有所不同。维A酸软膏主要用于治疗扁平疣，对顽固性跖疣，平阳霉素、5-氟尿嘧啶注射液均能引起疣体萎缩、脱落。对于皮疹数量较小的患者，一般采用冷冻、电灼、刮除、激光等物理治疗。
病毒疣通常可以通过药物治疗、物理治疗等方法治疗。
如果确诊为病毒疣，病人可以在医生的指导下服用抗病毒药物、免疫调节药物，同时可以涂抹咪喹莫特、氟尿嘧啶等药物，还可以采用物理治疗，如液氮冷冻、激光烧灼等。
在治疗过程中，病人要注意日常护理，切忌抓挠患处，不要烫洗皮肤，建议饮食以清淡为主。
病毒疣长在脸上应该口服中药。由于从口服到内脏吸收到达皮肤，药力损耗大，这种口服中药运用扶正祛邪的原理，不是直接杀灭病毒，所以效果并不理想，并且要长期连续服用几十天，一般人很难坚持。
如果已经长出来了，主要还是要采取物理治疗，但是单靠物理治疗可能还不够，物理治疗包括冷冻、微波、激光这些方法，尤其是跖疣，跖疣治疗难度比较大，因为跖疣主要长在足底，这个部位容易摩擦，就容易反复发作。
病毒疣治疗以消除皮损抗病毒或者是提高免疫力为主。物理治疗有CO2激光、液氮冷冻、电灼、微波等，但很难完全消除皮下病毒，复发率较高，费用相对也高。内外用于或者是中药汤药治疗，效果也不明确，作为辅助手段的治疗方法还是可以的。