一般来说，包皮内侧起小水泡，通常要考虑以下几个方面的问题：
1、生殖器疱疹：通常生殖器疱疹能够在两周内自愈，不过此病存在极易复发的情况，复发一般病程一周左右。
2、过敏：药物过敏、食物过敏也可能会导致包皮内侧起小水泡，另外，生殖器部位接触某种物质引起的过敏性水泡也是其中一种原因。
包皮内侧起小水泡的患者平时应该注意局部的清洁与护理，勤清洗勤换内裤，保持适当运动，比如慢跑、游泳等，早睡早起，作息规律，适量吃新鲜的水果和蔬菜，并清淡饮食，有利于身体健康。
这种症状考虑是局部的炎症感染，病人感染生殖器疱疹的可能性很大或者是过敏引起的身体功能改变，出现这种症状病人应该及时就医诊断治疗，治疗期间避免劳累、饮酒、忌性生活，需要时请使用避孕套。
一般来说，包皮上长个小水泡可以通过一般治疗、药物治疗进行处理。具体分析如下：
如果患者出现包皮上长个小水泡的情况，首先应该注意避免辛辣刺激的食物，同时应该注意局部的清洁卫生，如果患者的症状严重，可以在医生的指导下使用夫西地酸软膏、阿昔洛韦软膏等药物进行治疗。
此外，建议患者根据实际情况前往医院就诊检查，然后在医生的指导下进行治疗。
可以局部涂抹软膏来进行治疗，几天时间，可能就会好了，建议每天晚上一定要清洗，做好干净。如果包皮过长，就要去医院，割掉的。发生不洁性生活以后出现包皮内溃疡，很可能是与感染性病有一定关系，检测工作必须做好，必须弄清楚，病原体是什么，才好得到有效治疗？仅仅从溃疡症状表现无法确认，可能是淋病或者梅毒造成的不同病因及治疗用药是不一样的，盲目的使用药物很可能会加重症状，造成新的感染。
口腔溃疡的发生主要与免疫力低下，维生素缺乏感染有关，溃疡具有自限性，一般7~10天可以自愈，平时多吃蔬菜水果，补充维生素，提高免疫力，可以减少口腔溃疡的发生。建议用药物进行涂擦，促进恢复，反复发生了口腔溃疡，可以适当的应用激素类药物进行治疗。
生殖器上长水泡可能是龟头炎和生殖器疱疹引起的，在疱疹早期发病的时候，患处会有一些红斑、丘疹、水泡，数个或更多个，继可成为脓疱、糜烂或溃疡。伴有瘙痒或疼痛。至少持续l周-2周后，损害结痴、愈合。一般3周-4周皮损消退，但可发生新的损害。不管是龟头炎还是生殖器疱疹都应及时去当地正规医院选择科学的方法及时治疗，以免病情恶化。平时也多应该注意局部卫生，勤洗澡勤换衣，不抽烟、不酗酒、养成良好的生活习惯。