主要是方法是手术治疗。治疗目的是为了恢复上唇正常形态和正常的语言功能。目前国内外公认唇裂手术时间为生后3个月。腭裂为生后18个月。本病有一定的遗传性，预防的关键在怀孕的前三个月应该避免服用镇静类和抗癫痫类药物。
唇腭裂的治疗主要是通过整形来恢复口腔内的结构以及面部的畸形。但是选择什么样的手术方式以及手术时间还需要根据唇腭裂的轻重程度来考虑。最终的治疗目的是改善腭裂，恢复软腭的生理功能。术后还需要进行语言的训练来形成正确的发音。长大一些还需要到口腔科进行牙齿的矫正治疗。
可以进行唇裂手术治疗，最早可在出生后24小时或出生后3个月在患者免疫力良好的情况下进行，因为不仅婴儿免疫力强，能耐受感染，而且身体组织细胞不成熟，不易形成疤痕，为术后畸形恢复创造了良好的条件。
家长要保证患儿的营养和正常发育，避免呼吸道感染，以使患儿在全身健康状态下接受手术。若新生儿的裂隙很宽，或双侧唇裂者前颌高耸，家长需要尽早与医院联系，医生可根据情况给予必要的指导，或提前采取一定的措施以利于手术的进行。
有唇腭裂现象的婴幼儿，在喝奶的时候，使用专用的奶嘴来帮助喂奶，能够避免出现呛奶的现象，唇腭裂的患者最好是尽早的进行治疗，唇腭裂治疗的时候相对来说时间比较长，难度也比较大。