卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿有可以有会自己消失，卵巢囊肿可能是炎性囊肿，若是确定，大多数经过治疗，如消炎治疗等是可以消失的，但这里有一个问题，就是彩超检查不一定能确定就是炎性囊肿。
卵巢囊肿5cm可以通过使用药物、手术治疗等方法进行处理。
如果卵巢囊肿的直径达到5cm，通常可以口服益母草颗粒来治疗，能够活血、利水，有助于使囊肿缩小；如果卵巢囊肿已经影响到月经，造成月经周期紊乱、不规则出血，一般需要手术，比如卵巢囊肿剥除术、卵巢切除术等，建议根据具体情况决定手术方法，以便于彻底治愈疾病。
卵巢囊肿是卵巢比较常见的一种疾病。卵巢是人体较小的器官，是肿瘤的多发部位，长期的饮食结构，生活习惯不好等因素，都可能导致卵巢的病变。卵巢囊肿如果小于5cm，可以密切观察。大于5cm，就要考虑手术治疗。也可以做腹腔镜微创手术，都不会有太大的创伤。
卵巢囊肿有生理性和病理性两种，生理性卵巢囊肿会随着月经来潮而萎缩，病理性的卵巢囊肿与炎症刺激、内分泌失调有关。单侧囊肿，一侧也能排卵，可以受孕。如果两侧都有囊肿，而且体积在5cm以上，就会影响到怀孕。
这是因为卵巢囊肿会影响到卵巢的正常功能，从而引起内分泌紊乱，或者是囊肿会阻碍卵泡的发育和成熟，从而影响到黄体的功能，从而影响到受孕。达到5cm是必须要做手术的，否则可能会出现撕裂和扭曲。