这个有很多因素如遗传因素：约占习惯性流产的4.5%25%，如胚胎染色体的异常，流产多发生在妊娠8周以内。内分泌因素：约占13%2%，如卵巢黄体功能不全，亦早期流产的常见原因。生殖器官异常：约占12%15%，如子宫发育不良，宫颈内口功能不全症等，多引起晚期流产。感染因素：占2%，如病毒或细菌感染，一方面可导致胚胎的发育异常，另一方面可引起生殖器官的炎症，不利于孕卵着床。
多次流产会导致习惯性流产。
这是由于多次的人流，会对子宫内膜的基底层造成伤害，从而造成术后的子宫内膜难以修补。所以，此时的子宫内膜会变得更薄，第二次怀孕后，胎儿在宫腔内发育不稳定，很容易发生自然流产，从而引起习惯性流产。因此，有不少女性习惯性流产，都是因为之前多次人工流产。不过，习惯性流产与胎儿染色体异常、甲状腺功能低下、黄体功能不全等因素有关。