如果是单纯性卵巢囊肿，通常用中药治疗。首先，应该进行全面的检查。根据检查结果、囊肿的大小和囊肿的位置，应进行选择方案。如果卵巢囊肿的直径小于5厘米且不是肿瘤，则大多是功能性囊肿，可以用中药治疗，密切随访，每2-3个月检查一次，然后根据情况调整检查间隔。
卵巢切除手术，这应该是可以治疗好的，手术是彻底治疗卵巢囊肿的方法，药物治疗一般只有控制才能彻底治疗。大多数人不会复发，当然也有少数人会复发，所以术后定期检查，注意休息，保持好心情。
女性体内激素水平紊乱，或者妇科炎症都可能造成卵巢囊肿.
首先需要知道所患的卵巢囊肿是生理性卵巢囊肿，还是病理性卵巢囊肿。生理性卵巢囊肿是由于在排卵期后，由黄体期所形成的囊肿，一般是小于5厘米。在黄体期结束之后，激素水平下降，就会自动消失的，并不需特殊处理。而由于炎症导致，以及内分泌紊乱或者遗传因素所导致，还有子宫内膜异位症所导致的卵巢巧克力囊肿等，就需要根据病情来进行治疗。
卵巢囊肿是不需要切除卵巢的。卵巢对于女性非常重要，如果完全切除一侧卵巢，虽然还有另一侧卵巢，但是如果是另一侧卵巢功能丧失或者出现囊肿，就给女性会带来很大的困惑，会出现更年期提前的症状。所以临床上对于卵巢囊肿的手术，只要单纯的将囊肿剥离下来，然后缝合剩余的卵巢组织就可以。
治疗女性卵巢囊肿一般采用手术切除的方式，但是多数病人不愿接受，因费用高、留伤口。切除后易在原来的部位复发或对侧又长出囊肿等缺点，不是恶性囊肿病人一般不会选择手术治疗。囊肿小于5cm。用中药丹桂消聚贴治疗可起到事半功倍的疗效。