口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
出现口腔溃疡等引起来的不适一般和维生素的缺乏免疫力下降，以及近段时间口腔过锐的牙齿残根不良刺激物的刺激等都有一定的关系。这段时间注意多休息，不要熬夜，少吃辛辣刺激性的食物，多吃些新鲜的瓜果蔬菜，尽早及时的治疗牙龈炎和龋齿，有时间还是多到户外活动，增强自身的免疫力。
口腔溃疡治疗原则是消除致病诱因，增进机体健康，减轻局部症状，促进溃疡愈合，但是目前还没有特效药物，所以治疗时应针对每个病例的致病诱因和对药物的反应，有侧重地采用治疗方法和药物。平常注意休息，避免进食酸辣刺激食物，以减少复发次数。
口腔溃疡的治疗，主要是去除病因、增强体质、对症治疗。首先应该去除口腔内的不良刺激因素，比如残冠、残根、不良修复体、不良正畸等，同时戒烟限酒，不要吃辛辣刺激性的食物。其次多吃水果、蔬菜，多吃高蛋白的食物，补充机体所需要的营养及维生素。可以采取局部药物治疗的方法：主要目的是消炎、止痛，促进溃疡愈合。
口腔溃疡属于一种病因不明的疾病，临床口腔溃疡由于病因不明，治疗的方案就是对症治疗。口腔溃疡临床治疗没有什么特效的疗效，一般七天左右可以自愈。补充维生素对口腔溃疡愈合有很大的帮助。