自然流产没流干净首先要检查B超，根据胚胎组织残留的大小，判断吃药还是手术治疗，具体情况如下：
若直径小于20mm的胚胎组织，可以益母草、五加生化胶囊等活血化瘀的药物，帮助排出胚胎组织。服药1周左右，判断药物治疗效果要去医院复查B超。服药期间适当活动，帮助排出组织物。同时，不吃生冷、辛辣、刺激的食物，可以吃一些蔬菜、水果等。若B超显示组织物直径超过20mm，且数量较多，通常吃药治疗效果不大，建议进行清宫手术。
自然流产后一般流干净了，具体分析如下：
自然流产可以排出体外，但也有一些身体素质比较弱的女性，会出现不洁的情况。如果是自然流产，一般在自然流产一周后到医院做详细的检查，如果还没有完全排出，一定要在医生的指导下进行清宫，避免感染，影响身体健康。如果已经排出了，日常生活中要注意清洁卫生，做好避孕措施，多吃一些有营养的食物，不要食用辛辣刺激性的食物，同时要把内裤和毛巾暴露在阳光下，消毒。
自然流产分为完全流产和不全流产。是否能够流干净，根据孕周的大小以及是否在孕期吃过保胎药来决定。如果孕期服用过保胎药物或者孕周比较大，流出来的几率和流干净的几率就会减少。如果孕周比较小，孕期也没吃过保胎药，发生残留的机会就会比较小。在自然流产发生后还是要服用一些促进子宫收缩和活血化瘀的药物。
宫外孕自然流产后首先要检查是否流干净了，并且要看看输卵管是否正常，然后接受食疗。自然流产暂时不需要治疗，可以考虑产后定期复查血液HCG数值，另外注意观察HCG值的变化。宫外孕如果发现的比较早，没有发生破裂的情况下，可以进行保守治疗。保守治疗主要是应用杀胚药物终止妊娠。然后用活血化瘀作用的中药促进包块的吸收。
自然流产后推荐口服抗生素和促进子宫收缩的药物，亦可口服补血药。
平时也要留意阴道出血，若出血量大，出血时间较长，推荐B超检查，观察宫腔有无淤血，讲究个人卫生，忌不洁行为。
平时的饮食要多加注意，勿食刺激性辛辣、过于油腻的食物，饮食上尽可能以清淡营养为原则，蛋白质、维生素可以适当的补充。通常食用高营养、高维生素和高蛋白食物。
表现为腹痛的情况明显缓解，并且阴道流血明显减少，甚至阴道流血停止。最关键的是在临床上监测血HCG会呈持续下降状态，并且通过B超检查会发现，输卵管内原有的妊娠囊不见了，并且包块明显的减少或者消失。