口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
口腔溃疡在一周左右就可以自行痊愈，还可以往溃疡的地方局部涂抗炎类药物，多吃白菜，白菜中含有维生素对口腔溃疡具有疗效。木耳具有抗溃疡作用，所含的营养物质可以促进溃疡面愈合。
孕期口腔溃疡需要通过局部治疗、日常护理等方式来治疗。
怀孕期间有口腔溃疡需要进行局部的治疗，同时需要在口腔科或者妇科专家的帮助下进行局部的用药，避免自行服用，导致自身和胎儿都出现异常。可以用生理盐水，不会造成任何的伤害，可以用来漱口，可以购买0.9%的生理盐水涂抹在口腔的创面，也可以用95%的乙醇来治疗，不过要在医师的指导下进行。
儿童口腔溃疡治疗需要找出诱因，排除可能的致病因素。
需要增强儿童体质，减轻局部症状，促进溃疡愈合，刷牙时要注意避免口腔溃疡，选择软毛牙刷。要多喝水，多吃新鲜蔬菜和水果。饮食方面要注意清淡，注意大便通畅，避免偏食。同时需要注意维生素的补充，可以通过多吃新鲜的水果和蔬菜缓解临床症状。平时还需注意养成规律的生活作息，避免对身体造成影响，降低口腔溃疡出现的概率。
口腔溃疡反复发作，多和个人的生活饮食习惯有关系，也和身体微量元素缺乏有关。所以治疗要从生活饮食习惯调理和补充微量元素入手。对于反复发作性口腔溃疡，建议补充葡萄糖酸锌、复合维生素B和维生素C治疗。生活中不要吃容易上火食物，口味选择清淡一点，不能挑食，多吃蔬菜水果，晚上十点之前睡觉，早晨6点之后起床，规律后一般可以明显减少口腔溃疡发病次数。