卵巢囊肿的治疗方法主要是手术治疗。必要时需要配合化疗药物进行治疗。
如果卵巢囊肿为良性，有生殖需求，可以采取手术摘除，尽量保存正常的卵巢。若无生殖需求，则需将一侧或两侧的输卵管及卵巢摘除。卵巢囊肿为恶性肿瘤，应尽量将原发囊肿和转移灶进行切除，术后应在腹腔中放置导管，并通过腹腔内注入化疗药物来进行预防。
手术后，患者应该注意休息，不要过度劳累，以免撕裂伤口。
左侧卵巢囊肿，如果患者的囊肿已经确诊为病理性囊肿，可以在医生指导下通过手术治疗，如开腹手术、腹腔镜手术等。腹腔镜的手术损伤比较小，身体恢复得会快一些，但手术得费用也会相对较高。建议患者在手术后需要将剔除的囊肿送病理化验，并定期复查，了解自身身体的恢复情况，因为如果患者得囊肿属于卵巢巧克力囊肿，复发性会比较高。
卵巢囊肿的治疗方案包括有良性的治疗，也包括有恶性的治疗，如果是良性的囊肿的话，病变比较小，而且比较轻微，大多是由于炎症感染所引起的病情。可以选择合适的药物进行治疗，可以取得良好的治疗效果，如果是囊肿比较大，出现有局部压迫的症状，需要及时进行手术治疗，如果是恶性病变的话，就需要及时进行手术治疗、放疗、化疗或者联合治疗。
卵巢囊肿是卵巢的良性肿瘤，它的治疗办法要看卵巢的囊肿大小。如果超过5cm的治疗办法是要考虑腹腔镜下微创手术，做卵巢囊肿的剥除手术。因为卵巢囊肿直径一旦超过5cm，容易形成卵巢瘤蒂扭转或者破裂，形成妇科急腹症，也是需要及时开腹进行急诊手术的。
对于左侧卵巢囊肿，如果直径小于五厘米，并且没有合并任何不适症状，肿瘤指标在正常范围之内，在月经干净之后复查妇科彩超。对于卵巢囊肿直径大于五厘米并且是持续存在的，尽快安排手术治疗。
卵巢囊肿的治疗也是需要根据病人来定的，如囊肿直径小于5厘米又无证据提示肿瘤的情况下多为功能性囊肿可以服用药物治疗密切随访即2－3个月检查一次，以后再根据情况调整检查间隔时间若囊肿直径大于5厘米则多为卵巢肿瘤，一般需要手术治疗具体的要求还是需要看本身的病情。