卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿是女性比较常见的疾病就是组织液排出不通畅，卵巢里面有发生炎症病变损害，但是有极少数的卵巢囊肿会诱发肿瘤疾病的高发。像这种混合性的卵巢囊肿配合一些活血散结的药物。
在临床上要给予手术治疗，可以做开腹手术，也可以做腹腔镜手术。腹腔镜的手术损伤小，恢复会快一些，但是价钱也会贵一些。术中绝大部分会采取囊肿剔除手术的方式，保留卵巢组织，并且建议将剔除的囊肿送病理化验，根据病理结果临床再决定下一步的治疗方案。
卵巢囊肿是可以治好的，但有复发的可能性，如果小于5厘米，考虑生理性囊肿，可以选择观察，如果大于6cm，应该考虑进行微创手术切除，同时配合中药调理，防止复发与转移的可能，期间加强营养，放松情绪，定期复查，避免熬夜。
卵巢囊肿是可以通过手术取出囊肿的。平时要多注意情绪的调节，保持心情舒畅，多休息，多吃些清淡的，少吃辛辣刺，激性过大的食物，多吃水果，多喝点热水。具体需要遵训医嘱。