对良性、非赘生性、囊肿的直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失。如果囊肿的大小超过5厘米，定期观察时有发展趋势，或囊肿发展快、增大明显，则应入院手术治疗。手术为卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术，附件及全子宫切除。
囊肿可以是生理性的，随着生理周期的变化可以自然消失；也可能是病理性的，由于疾病而形成的囊肿，生理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理，用热水袋敷小肚子，不用太热，大概敷半个小时左右，注意个人卫生，这样比较有效果。日常生活中多散步，呼吸新鲜空气。多花时间陪伴家人，培养积极的心理状态。
生理性的卵巢囊肿，不管是右侧还是左侧肿，通常都是不用进行特殊处理，这种卵巢囊肿一般体积比较小，会在月经来潮之后自行消退，建议患者随访观察即可，可以在月经来潮之后再做个B超检查，观察卵巢囊肿是否已经消失。如果右卵巢囊肿过大，超过5厘米，建议及时进行手术治疗，根据囊肿不同的情况可选择行囊肿剔除术或卵巢切除术。
左侧卵巢囊肿有可能是黄体囊肿，或是单纯性囊肿的可能性比较大，暂时不需要处理，一般卵巢囊肿不会影响胎儿宫内发育的，可以定期产检复查彩超看囊肿有没有变化，也有可能会自然消失的可能，只要没有扭转，就不会影响怀孕的。
卵巢附件区的囊肿，如果是在5厘米以内可以暂时观察，可以在2次月经干净以后再重新复查。因为很多卵巢囊肿是功能性的，也就是有可能是卵泡囊肿或者黄体囊肿，一般2个月以后就会消失。如果观察2个月，囊肿继续增大或者没有消失，就是卵巢肿瘤，需要做手术。一定不要做剧烈活动，因为卵巢囊肿容易出现扭转。一旦出现扭转，必须要急诊做手术，会出现剧烈的腹痛，时间长了会引起卵巢的坏死，影响卵巢的功能。
